第03章 化合物的结构表征与计算机可视化2.pptVIP

第三章化合物结构表征与计算机可视化 3.4 化合物结构的特殊标记 3.4.3 指纹编码 3.4.4 Hash编码 3.5 立体化学结构的计算机表达 1. 排序列表 2. 置换操作 3.5.2 结构数据文件中的立体化学表达1. Molfile文件中的立体表征 Molfile文件中的立体表征 2. SMILES文件中的立体化学表达 3.6 三维结构的表达与构象分析 构象分析 3.6.2 三维结构的表征 2.内部坐标体系 Z-矩阵 常用结构文件的立体表征能力 3.6.3 三维结构的获得 基于片段（模板）的方法： 最著名的三维结构发生器：CORINA CORINA三维结构发生器的特点： CONCORD三维结构发生器： 3.6.4 所有构象的获得与构象分析 构象与势能曲线 正丁烷 自动构象生成器与构象分析 自动构象生成器工作原理 新构象的判别？ （2） 随机产生法（随机搜索法） 3.6.5 三维结构编码文件 1. PDB 格式文件通用注释 多标记： （2）标识次序 （3）PDB文件实例分析 PDB文件实例分析：（1）标题部分 PDB文件实例分析：（2）REMARK部分 PDB文件实例分析：（3）其他部分 PDB文件实例分析：（3）其他部分 PDB文件实例分析：（3）其他部分 PDB文件实例分析：（4）最后部分 二. STAR文件格式 基于STAR的字典实例 二、 CIF文件（晶体信息文件） 四、 相关软件介绍 3.7 分子表面 分子表面 3.7.1 范德华表面 3.7.2 Connolly表面 3.7.3 溶剂可及表面（ Solvent Accessible Surface） 3.7.4 酶腔表面 3.8 分子模型可视化 生物大分子模型 DNA模型 生物大分子模型 晶体模型 3.8.2 分子属性的可视化 3.9 分子结构计算机编辑与显示软件 3.9.1 分子编辑器 一、 常见的单机版分子编辑器软件简介 2. ChemDraw 9.0 ( ) 2. ChemDraw 9.0 ( ) 3. Chemistry 4D-Draw (7.0版） ( /chem4dd.html ) 4. ChemSketch (8.0版） ( /download/chemsk.html ) 5. ChemWindow (6.0版） ( /cw6.html ) 6. ISIS/Draw (2.5版） ( /products/isisdraw.html ) 二、 常见的网络版分子编辑器软件简介 2. ACD结构绘制小程序（ACDLabs） 3. JME网络分子编辑器 ( peter.ertl@ ) 4.9.2 三维分子结构显示器 一、 基于单机的三维分子显示器软件简介 2. ViewLite 5.1 3. DS ViewerPro ( )30天免费使用 二、 基于网络的三维分子显示器软件简介 2. RasMol 2.7 ( ) 3. Chime 2.6 SP6 ( /chime/index.html ) 3.9.3 基于Web的三维结构产生工具 美国三维分子结构在线服务系统/services/2d_3d_converter.html 本章知识要点： 相关软件与网址： 内容选择 商业二维结构编辑软件（ChemInnovative 软件公司开发）； 除通用的化学结构绘制工具外，增加两个专用模块： NamExpert：解析符合IUPAC规则的化合物名称→结构式 Nomenclature：获得化合物名称（简短式，kukule式和半结构分子式）；结构式→指定对应的 名称（IUPAC） 可绘制结构式；流程图；反应式，键型，分子轨道等； 可通过原子价和标记对结构图进行检查； 通过Mass Calculator 可计算分子性质（分子量、分子式、原子个数、组成百分比等） 只支持Molfile格式一种文件 界面图 专业分子结构编辑软件（可由Advanced Chemistry Development公司ACD免费获得）； 含扩展功能；物化性质计算插件；可输入光谱、色谱数据； 两种绘图模式：结构模式和拖拽模式（可相互转换）。 自动检查，使氢原子饱和。 可计算或估算：分子式、分子量、百分比、摩尔折射率等； 可以表示不同键：立体、配位键(二茂铁)； 支持12种输入、输出文件格式和图形（gif,wmf）; 具有ACD/3D显示模块，可使三维转换成二维结构。 商业分子编辑软件；外加模块（SysmApps三维显示）；数据库建立（Database Building）；信息系统（KnowItAll Infornation Ststems，光谱分析工具） 大量工具（4500个