生物信息学软件知识介绍.ppt

生物信息学软件;JASPAR ConSite TRANSFAC rVista 2.0 MEME Weblog ;PISCES CH-HIT PSIPRED ChEMBL David;转录因子结合位点;;;;(1)?JASPAR CORE (2) JASPAR CNE (3) JASPAR FAM (4) JASPAR PBM (5) JASPAR PBM_HLH (6) JASPAR PBM_HOMEO ;JASPAR_CORE 核心数据库;;;;;;;;;;;;;;;;;;JASPAR CNE;;;;;如何得到位置矩阵;位置矩阵如何打分;;Phylogenetic footprinting;;;同源;直系同源与旁系同源;同源序列可分为两种：直系同源(orthology)和旁系同源(paralogy)。 直系同源的序列因物种形成(speciation)而被区分开(separated)：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的。 啮齿动物和人类;旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated)：若生物体中的某个基因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。 肌红蛋白(myoglobin)和血红蛋白(hemoglobin)被认为是古老的旁系同源体;ConSite; By incorporating evolutionary constraints, selectivity is increased by an order of magnitude as compared to single-sequence analysis ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;TRANSFAC ;;;;;;;Match - 1.0 Public ;;;;;;;rVista 2.0 ;rVista combines database searches with comparative sequence analysis, reducing the number of false positive predictions by ~95% while maintaining a high sensitivity of the search ;;;;;;;;;MEME;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;Weblog;;;;;;;;;;PISCES;;;;CH-HIT;PSIPRED;;;;;;ChEMBL;;;;;;;;;;;;;;;;