旱赖基因组生物学问题解决具体方案V2.pptVIP

旱赖基因组生物学问题解决方案 * 主要生物学问题 冬眠动物的趋同进化 高原动物的趋同进化 旱獭生物学特性(耐旱、毛色、发声、社群行为等） 旱獭种群分化历史及适应性进化 鼠疫杆菌与宿主的互作及协同进化 趋同进化研究 趋同进化是进化生物学领域最让人感兴趣的主题之一，近年来，使用比较基因组学手段研究趋同进化的案例多数发表在高水平杂志上： 2014.12. Nature Genetics 封面文章 Whole-genome sequencing of the snub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutionary history. 中科院动物所，诺禾致源； 本论文主要讨论金丝猴与牛等植食性动物在消化系统上的趋同进化。 2014.09. Mol. Bio. Evol. 封面文章 (IF 14.3) Parallel Sites Implicate Functional Convergence of the Hearing Gene Prestin among Echolocating Mammals. 2013.01. Nature. Genome-wide signatures of convergent evolution in echolocating mammals. 哺乳动物回声定位系统的趋同进化研究； 2014.09. Science. The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis. 咖啡因合成通路在咖啡、可可、茶中的趋同进化； 2011.07. Science. optix?drives the repeated convergent evolution of butterfly wing pattern mimicry. 蝴蝶拟态的趋同进化研究； 冬眠动物的趋同进化 已发表的冬眠动物基因组： 刺猬、蝙蝠、小嘴狐猴、松鼠、北极熊、棕熊 趋同进化： 冬眠在哺乳动物中并不是普遍现象，即使在同一个科的物种中，也有些物种冬眠，而其它物种不冬眠，这说明不同进化支系物种的冬眠现象有可能在进化历程中是独立进化出来的。这些动物如何独立进化出冬眠的机制，仍有待解决 – 是否有相同的基因发生相同的序列变化，如果无此现象，是否有相同或相似的代谢通路发生变化等等 通过对整体比较冬眠动物的基因组数据，我们可以检测一些在冬眠动物中存在趋同进化的基因 冬眠动物的趋同进化 已发表的冬眠动物基因组： 刺猬、蝙蝠、小嘴狐猴、松鼠、北极熊、棕熊 仅使用基因组数据，我们只能从序列层面去推测一些基因可能与冬眠相关，类似的工作在2012年的蝙蝠基因组文章中存在，如果要更清楚的了解冬眠的分子机制，有必要辅与转录组等方面的数据，使结果更具说服力和新颖性； 转录组取样： 冬眠状态： 心脏、肌肉、血液、大脑、肝脏、肾脏 非冬眠状态：心脏、肌肉、血液、大脑、肝脏、肾脏 生物学重复3个以上，若取样上可实现，除旱獭外，也可取其它冬眠动物（与旱獭无共同祖先)的相关材料进行转录组测序； 转录表达调控方面的趋同进化： 可能存在一大批基因在冬眠过程中表达调控模式在多个冬眠物种中发生趋同进化 旱獭的生物学特性 抗旱： 水分保有的效率高—水通道蛋白、离子通道蛋白等； 毛色： 不同种旱獭的毛色变异较为明显—其它动物中已知的毛色相关基因，鉴定旱獭中的同源物，检测这些基因在旱獭不同种（亚种）中的序列变异情况是否与毛色变异存在一定关系； 发声： 旱獭有复杂的发声机制– FOXP2基因在鸟类、灵长类中均存在适应性进化，与发声直接相关 社群行为： 旱獭具有较明显社群结构，一个家族几十个成员，其中一个雄性为首领，家族内具有一定的等级关系– 其较发达的社群行为与神经系统的演化是否存在关系 体温控制： 其它： 有待持续挖掘 旱獭的生物学特性-毛色 2013.06. Current Biology 封面文章 （IF 9.9) 北京大学，诺禾致源 基因组测序表明白虎的毛色及相关性状是由毛色决定基因SLC45A2 突变所致 2014.06. Science The genomic landscape underlying phenotypic integrity in the face of gene flow in crows. 基因组测序表明黑素形成通路相关基因的突变导致乌鸦羽毛颜色的改变 2009.10. Science Coat?Variation in the Domestic Dog Is Governed by Variants i