lammps 新手一睹.docVIP

本文结构： 0. 写在最开始的话 1. 首先确定lammps是不是适合你 2. 下载和编译 3. 如何使用lammps进行计算 4. 关于manual.pdf(20/JUL/07)的阅读建议 5. Comannds 的简单讲解 6. 解决问题的途径 7. 写在最后面的话 温馨提示：(1)点击标题可直接到相关的“章节”。(2)为避免混淆，上面的各“章”，在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指；而文中其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节。(3)文中跟某些名词相关的网页已加注超链接，直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息。 ? 0. 写在最开始的话 从2007年5月初开始接触和学习lammps，时至今日，依然对lammps存有很多疑惑。如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器，不知所措。虽然还有好多好多的东西要学习，但是也已经了解了一些最最基本的东西了。我可以去帮助那些刚刚入门的人，正如我刚刚开始学习lammps时诸位热心网友对我的帮助。现在，我写一写自己知道的东西，希望对lammps的新手有所帮助，不当之处，真诚地希望各位读者多多指正。 我写的这点儿东西，使用者仅限于使用lammps的新手，而且里面只讲到了ubuntu下编译lammps的单机版，没有涉及并行版的编译。我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和学习lammps。如果你已经在使用lammps了，我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的。不过，对于高手来说，如果你有时间，我还是希望你能看完这篇，因为我接触lammps和MD的时间都不长，我怕我的某些错误会误导新手。所以，希望大家一起努力，完善这个指南。 另外，我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间。之前QQ空间的那篇文章，因为对其内容改动较大，故我已将其删除。我并不反对转载，（先自我陶醉一下下，可是会有吗？呵呵）但是转载之前，请注意：(1)文章中的一些表述我尚不肯定正确与否。所以转载之前，请你负责任地认真读完这篇文章并确认你是否认可我的表述。如果发现错误，请及时联系我，谢谢先了。(2)我知道有些论坛的用户可以设置回复或者付出金币or积分等才能查看某些帖子，我坚决反对这篇文章被这么做。(3)本文没有所谓的版权，完全是分享性质的。转载的时候，没有必要著上是我写的，可是我不希望有一天看到这篇指南成了另外的一个名字的原创。如果你发现文中的错误并做了修改（最好也通知我），那样我们可以算是这篇文章的共同作者。(4)严禁本文被用作其它用途。 我还要再次重申，我不想写成像教科书一样的东西。我写这篇指南的意图也绝对不是“ 哦，你是lammps新手吧，那你按照我说的做吧。”那我岂不成了教父了？呵呵。要知道，这篇文章的作者只不过是一个3个月前才知道世上有lammps这款代码的家伙，他根本就没有完全读完和读懂lammps手册，他对MD的基本理论了解的是少之又少。我只不过是想结合我学习lammps的过程，写一下我的体会和建议，供新手参考。如果你觉得这个指南对你有用，那固然很好；但是如果你看后觉得我说的都是屁话，那也很好，你可以按照另外的思路去学习lammps，同时，你还可以按照我的联系方式大骂我一顿，我也会洗耳恭听的。 如果这篇文章真的对lammps的初学者有些许帮助，那我将感到十分的欣慰。 （返回本文目录） 1. 首先确定lammps是不是适合你 可以从以下两个网页找到答案： /features.html /non_features.html 如果你觉得看英文很不爽，这里有一个中文翻译—-By hooge.lu 我也简单说几句，分子动力学要做的，大部分lammps都可以做（呵呵，这句话我是听别人说的）。lammps源代码公开，免费下载，你可以根据自己的需要修改lammps代码，重新编译。lammps可以在并行环境中运行，这更能体现出它强大的计算优势。它能模拟上百万的原子体系，气态，液态或者固态，在各种系综下。lammps提供了各种势函数供你选择，具体请到lammps官网查询。 再说说lammps所谓的“缺点”吧。 相比lammps的计算能力，它提供给我们的前后处理的功能显得相对弱了一些。对于一些复杂体系初始构型的建立，lammps表现得并不是很尽如人意。所以lammps提供了一个read_data命令可以读入一个data文件，这个文件包括体系中各个原子的xyz坐标等等相关参数。对于这个文件中定义系统的部分，我有两个建议，用其它的软件做好体系构型，导出数据文件，然后按照lammps规定的格式（参阅手册中read_data命令）修改；或者你的计算体系构型中原子的排布有某种规律可循，你就自己编程从而获得lammps需要的data文件。 提醒一下，上面提到的通过data文件的方式建立系统的初始构型，是