HIV-1整合酶份子对接和份子动力学模拟.pdfVIP

摘要 摘要 HIV-1整合酶是艾滋病病毒复制过程中不可缺少的一种酶，所以整合酶是一 个寻找治疗HIV药物的理想靶点。在所报道的整合酶抑制剂中，伊二酮酸类化合 物作为一系列抑制性较好的配体分子，现在已经有药物进入了临床研究。本文 根据文献报道的7个对HIV．1整合酶的链转移反应有抑制性能的二酮酸类似物， 用分子对接方法、分子动力学(MD)模拟方法研究它们的结合模式、结合强度等。 论文主要包含以下几个方面的工作： 用分子动力学方法对两个HIV．1整合酶体系进行溶液动力学模拟，其中另一 个不含金属离子，而另一个含有M92+，得到了整合酶的合理构型，通过对模拟 轨迹的分析，阐明TM92+的存在对体系活性中心区域起着稳定的作用。 用分子对接方法研究二酮酸类似物与HIV．1整合酶的相互作用。研究发现， 召M92+的整合酶体系比不含M92+的整合酶体系对接效果要好。对接性能较好的 抑制荆有两种结合模式，一种是以酮．烯醇式部分为结合位点与M92+发生螯合作 用，另一种是以羧酸或者磺内酰胺基为结合位点与M92+螯合。并且应用分子动 力学方法对复合物进行模拟，以确定这种结合模式的合理性。 对的两种结合模式分别进行了模拟，发现它们的结构基本上能达到稳定状 态。此外，抑制剂和M92+离子在与HIV．1整合酶的核心活性区域的作用中起着协 同促进的抑制作用，二者的共同存在促进了体系的稳定性，并加强了对整合酶 活性中心的作用能力。 关键词：HIV．1整合酶分子对接分子动力学模拟 二酮酸类似物HIV．1整合酶抑制剂 Abstract Abstract HIV-1 isanessential forviral andan integrase enzyme replicationinteresting forthe ofnew forusein ofAIDS． multidmgtherapy target design pharmaceuticals all IN classof has inhibitors，the reported fl-diketoacidcompoundspotent Among antiviral incell someinhibitorshavebeenusedonclinical activity culture，and is thatseven inhibitthestrandtransferofthe studies．It compounds reported this withlow dissertation, byintegrase ICs0．In integrationprocesscatalyzed to molecular simulationwereused the docking，moleculardynamics studybinding and HIV-I anditsinhibitors．Our modes o