酶与抑制剂小份子相互作用和识别的计算机模拟.pdfVIP

摘 要 分子识别的研究具有重要的生物学和药理学意义。伊lJ／ill DNA的转录，激素的作用 机制，免疫系统中的抗原一抗体谚{别，化学中的酶催化反应，以及很多药物发挥药效的 机制都。j之密切相关。而绝刈结合自由能计算对于研究分子识别机制及其动态作用是t’ 分重要的。自由能的』r负决定了化学反应的方向，其大小决定了反应的趋势强弱。国际 上有很多的实验小组投入到了自由能的计算模型的研究。 近年来，用计算机来模拟生物分子的相竹．作用与识别己经受到了相当大的关注。 存众多的模拟方法中，分了对接已成为其中非常重要而又受到广泛应用的方法之一。所 谓分子对接就是已知两个分子的三维结构，考察它们之问是否tlJ‘以结合，并预测复合物 的结合模式。通常热力学上认为生物分子的稳定构象是白由能最低的构象，因此，分子 对接的151的就是找到能量最低的构象。分子对接包含两个方面， ‘足快速有效的搜索算 法，可以在¨J能的空间进行构象搜索；另一个是好的打分函数，能够在合理的时间内『卜 确有效地从搜索到的结构中区分出近天然构象。本论文的主要研究内容如14： 1．利用生物信息学方法对SARS冠状病毒E蛋白的一级序列进行序列LgX,1分析， 分析其家族的同源性，并使用同源模拟方法模建E蛋白的三维空问结构。运用分子力学 和分了动力学方法对模型计算，评价结构的兼容性和町靠度。依据氨基酸序列在家族中 的保守和变异性质，预测E蛋白的可能的活性位点和关键残基。直观的给出E蛋白这一 跨膜蛋白在磷酯双分了层中的镶嵌模型，为针划‘E蛋白的药物分子设计和研究提供理论 基础。 2．针剡多酸药物分子潜在的抑制蛋白酶活性和较低的细胞毒性以及抗HIV活性的 冠状病毒传播和复制过j=旱中其关键作用的3CL蛋白水解酶为生物大分子为受体。运用分 子力学，分子动力学和分子对接计算机模拟技术进行分了对接研究。分子对接后得到了 五种多酸配体分子与受体蛋白的复合物模型。进一步从体系能量和非键卡同互作用角度分 析复合物的稳定性利多酸药物分子对蛋白水解酶的抑制作用。 关键词：SARS； 分子动力学；分子对接： 同源模拟； 杂多酸 Abstract is central in and underlies Molecular of biologypharmacology．It recognition importance ofDNA of the ofhormones．thecontrol action recognition transcription．the intheimmune ofchemicalreactions and enzymes catalysis by Antigens—Antibodysystem，the of ofabsolute free a theactions bindingenergyplayveryimportant manydrugs．Calculations and themolecular role the ofthemechanism of in studv dynamics