细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型.docVIP

细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型 .卷堋生物物理 ACTAB10PHYSICASIICA Vo1.5No.3 SeP1989 细菌视紫红质的构象模拟和 视黄醛的顺反异构模型 凌伦奖石秀几倪向善陈润生 (中医搴}学院生物物理研究所北京) 摘要 本文在细菌祝紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异椅模型.该模型中视黄醛 的c—c?与Ly一216的c一c-处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛cs和Ly一216的 N绕此直线为轴的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,井能通过A8p一96和 Ap一212传递质子. 弓 细菌视紫红质(Bateriorhoopsin,以下简称BR)是存在=f嗜盐菌紫膜中的唯一的一 种蛋白质,起光驱动质于泵的作用.八十年代l初BR的一级序列已清楚,是一个包含248个 残基的单肽链,生色团视黄醛(Redlia1)以Schiff碱的形式连接在LYs一2l6侧链末端. i975年Heliderson和Unwili的电子纤维衍射工作表明,BR单肽链以七根柱子的形式嵌在膜 中,柱子的轴垂直膜表面.这七根柱子主要取螺旋构象,也可能存在少量的卢折叠. 对BR的许多光动力学研究表明,视黄醛由全反到13-顺的异构化在质子泵机理中起关键作 用.但迄今为止,对BR的精确构象和视黄醛在BR中的顺反异构变化并不清楚.视黄醛是 一 个由紫罗酮环和长共轭烯烃组成,有20个重原子的长形大分子,并嵌于蛋白中.它通过 什么途径能在瞬间完成顺反异构?为探讨此问题,我们在构象模拟研究的基础上提出了一 个顺反异构模型,并用理论计算检验模型的合理性. 构象模拟的步骤和方法 K.S.Huang等人依据他们的实验结果指出视黄醛中的紫罗酮环靠近F柱的ser一193和 GJu—lg4,并由此推测视黄醛的共轭烯烃链与膜平面成35.～40.角.这样,视黄醛应 嵌于B,C,F,G四根拄之间.根据这几点,我们分;步米构造分子处于膜脂双层内部那部分 的模型. 本文计算中所用的氨基酸残基几何参数及势函数均取自M.Karplus的文献,视黄醛 ?(中国科学院昆明动物研宄所) 294 的几何参数,原子电荷, 1.七根熏旋柱的定位 生物物理1989年 cl3一cJ双键扭角能都引用PaulTarai1的结果.. 鉴于已有实验表明嵌于膜中的七段柱子绝大部分取螺旋构象,我们首先根据D.M. Enghnan的结果来决定各段螺旋所包含的氨基酸残基(我们每段螺旋取2O个残基),再 根据文献的结果确定七段螺旋中心轴之间的相对位置,取标准的构象(=一58.,= 一 47.)作为各螺旋段的初始构象.由于B,C,FZ段螺旋中各有一个脯氨酸,标准螺旋构 象中脯氨中的C势必与它前面第四个残基的羰基氧原子太靠近而产生强大斥力,为此必须 对这三段螺进行能量优化优化方法是:让脯氨酸及前后各五个肽的全部原子可动,螺旋 柱中其它各原子不动,并让动与不动的衔接点保持成键关系,用分子动力学方法优化其构 象能.结果发现一些≠,角有较大的改变(见表1),但仍能维持螺旋结构.出于BR分子 中大部分带电或极性残基应朝向分子的内部,故我们让七段螺旋绕各自的轴转动以符合 这一要求并使各螺旋之间的相互作用能尽可能小.至此,就完成了七段螺旋的定位. TABLElEFFECTOFPROLINE0NttELICALSTRUCTURE (Nomalahelix:=一57.=--47) BHELIXcHELIXlHELIX Re8idtl0dRe日ide!jjResidI! 46Thr一5l一3387Leu一52—55】99Trp一04—29 47Thl一85—2988Phe—B3—29I83StT一92—29 48Leu一T8—3489Thr一67—53I84AIa一72—42 — 60—62g0Thr一46—59l89Tr一5556 50Pr0—63—299】Pr0—59—30IJ86ProI一6236 — 60—30$2Leu一6{一44j187~atI一55j一5j 52I】e—6B—5】93Leu一621—4I189V】I一56l一53 一 58一3894LeU一58一451891T口一9D}一40 2.视黄醛的定位 视黄醛同Lys一2l6的连接及影响它们的位置和构象的六个二面角(x---Z)见图l. L一jl Fig.1.Amot:elofisomerizatlonof Retina1inBR 定位视黄醛的根据是它嵌于B,C,F,G四根螺旋柱之间且紫罗酮环靠j~Ser--i93.为了 有利于质子传递,我们还努力使视黄醛在全反和l3一顺的情况下,Ls—216的N都能同氢 第3期缅菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的舸反异构模型295 键受体键台.具体做法是随机改变围1中的×到x,直到视黄醛及ys一216