生物活性分子的结构和相互作用的理论研讨.pdfVIP

摘要 全文共分为3个部分：第一部分为利用密度泛函方法研究从天然产物中提取的有效成 分——白藜芦醇、柚皮素和洋芹素的结构特征，并用以解释其生物活性：第二部分同样 利用密度泛函方法研究尿嘧啶和茶碱分子识别膜的作用机理；第三部分刹用分子力学方 法研究表皮生长因子受体与其小分子抑制剂之间的相互作用以及n糖苷酶与糖苷酶抑 制剂——氨基糖之间的相互作用模式。 第一部分：首先在HF／3—21G水平上搜索顺式和反式白藜芦醇的构象空间，确定分 上3个不同羟基形成自由基后的结构，从分子轨道，离解能，自由基的单电子分布、总 自旋分布几个方面确定最有可能的反应中心，最后，解释化合物中的C=C对生物活性 的影响。用类似的方法处理柚皮素与洋芹素，得到了二者的势能曲线，提取出其稳定结 构，并通过计算推导出两个分子可能的抗氧化、消除自由基的活性中心。 象搜索，然后分别根据设想出的尿嘧啶和茶碱分子与膜材料的作用模型，用各个分子的 稳定构象建模，并将所有模型在DFT／B3LYPl6．3 l+G(d，p)水平上进行结构优化和频率分 析，并计算出经过零点能(zPE)和基函数重叠误差(BSsE)校正的结合能。通过分别比较 尿嘧啶与茶碱分子单体与复合物中的分子几何构型，振动光谱的变化，综合光谱比对和 结合能大小两方面，得出分子与膜相互作用的可能机理。 性的化合物，选择不同的方法对小分子进行构象分析，将所选取的这组分子的构象组合， 关系，总结抑制剂与蛋白质作用的规律。为了研究糖苷酶抑制剂——氨基糖对糖苷酶 (AGLA：IOBB)的抑制作用，本文阐述了a糖苷酶水解糖苷键的可能机理，并预测了两 种可能的氨基糖与糖苷酶的结合模式。 关键词：密度泛函方法；分子力学：分子结构：分子对接：分子间弱相互作用 Abstract use functional three inthis first istomakeofdensity theory Thereare part parts paper：the ofthe and to thestructureandelectronic resveratrol，naringeninapigenin study properties theChinese whichareextractedfrom andto theirantioxidantactivities moleculesexplain traditional secondistoresearchthemechanismofuracilmolecular medicines；thepart molecular membrane membraneand recognition byusingdensity recognition theophyline the third isto the modesbetween functional investigatebinding Epidermal theorytoo；thepart d