分子标记导论6.ppt

4 SSR 由Moore等于1991年创立。SSR即微卫星DNA，是一类由几个（多为1-5个）碱基组成的基序（motif）串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，广泛分布于基因组的不同位置，如（CA）n、（AT）n、（GGC）n等重复。不同遗传材料重复次数的可变性，导致了SSR长度的高度变异性，这一变异性正是SSR标记产生的基础。尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守的单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计一对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性，即SSR标记。 SSR标记的主要特点有： （1）数量丰富，广泛分布于整个基因组； （2）具有较多的等位性变异； （3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子； （4）实验重复性好，结果可靠； （5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息，因此其开发有一定困难，费用也较高。 染色体原位杂交 染色体原位杂交技术是DNA探针与染色体上的DNA杂交，并在染色体上直接进行检测的分子标记技术。目前发展最快的是荧光素标记的原位DNA杂交技术，即荧光原位杂交技术（fluorescence in situ hybridization, 简称FISH技术），是利用与荧光素分子偶联的单克隆抗体与抗原标记的探针分子特异性的结合来检测DNA序列在染色体上的位置。 用作植物染色体原位杂交的探针因研究目的不同有许多种，主要的有：用于物种起源和亲缘关系研究的物种专化DNA序列或外源物种总基因组DNA；用于转基因植物鉴定的含目的基因的BAC和YAC克隆。 原位杂交技术的基本步骤为：制备探针；染色体制片；染色体处理与变性；染色体与探针杂交；显微检测。 染色体原位杂交技术比较简便，结果直观。但其灵敏度和分辩率很大程度上依赖于制片技术和观察设备. 四、?基于DNA芯片技术的分子标记技术　 　　核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP) 　　SNP标记是美国学者Lander E于1996年提出的第三代DNA遗传标记。SNP是指同一位点的不同等位基因之间仅有个别核苷酸的差异或只有小的插入、缺失等。从分子水平上对单个核苷酸的差异进行检测，SNP 标记可帮助区分两个个体遗传物质的差异。人类基因组大约每 1000 bp SNP 出现一次，已有2000多个标记定位于人类染色体，对人类基因组学研究具有重要意义。检测 SNP 的最佳方法是 DNA 芯片技术。SNP 被称为第三代 DNA 分子标记技术，随着 DNA 芯片技术的发展，其有望成为最重要最有效的分子标记技。 DNA单链构象多态性(Single Strand Conformation Polymorphism，SSCP) 　　SSCP是指等长的单链DNA因核昔酸序列的差异而产生构象变异，在非变性聚丙烯酞胺中的表现为电泳迁移率的差别。单链DNA构象分析对DNA序列的改变非常敏感，常常一个碱基差别都能显示出来。在SSCP分析中，利用PCR技术定点扩增基因组DNA中某一目的片段，将扩增产物进行变性处理，双链DNA分开成单链，再用非变性聚丙烯酞胺凝胶电泳分离，根据条带位置变化来判断目的片段中是否存在突变。SSCP结果判定是通过多个样品之间对比，观察条带之间位置改变，从而显示出不同生物个体的DNA特异性，达到指纹分析目的。 分子标记应用： 1 遗传多样性与种质鉴定 分子标记广泛存在于基因组DNA的各个区域，数量巨大，通过对随机分布于整个基因组的分子标记的多态性进行比较，就能够全面评估研究对象的多样性，并揭示其遗传本质。利用遗传多样性的结果可以对种质进行聚类分析，进而了解其系统发育与亲缘关系。而以分子标记为基础的比较基因组研究则有利于探明近缘物种间的遗传同源性以及物种起源等生命科学领域中的重要问题。 微卫星标记等具有很高的多态性，可以用于鉴别同一物种的不同基因型，如Olufowote等选择4个SSR标记即可有效地评估栽培稻内不同品种间的异质性；Guifford等用3个SSR标记就能区分21个苹果品种。分子标记的这一特点还可用于鉴别品种的混杂情况和真假杂种的判断等。 2 重要农艺性状相关基因的定位 基因定位就是确定基因在染色体上的位置及与之相连锁的分子标记，高密度分子遗传图谱的构建使基因定位工作变得相对容易。 目前已完成了重要作物大量控制农艺性状表现如抗病性、抗虫性、育性等的主基因的定位工作，为开展这些基因的分子育种奠定了基础。尤为重要的是分子标记技术为呈数量遗传、易受环境条件影响的重要农艺性状的QTL定位提供了有效手段，目前涉及到QTL图谱绘制及大量复杂的数据统计、分析、运算工作已有多个配套的计算机软件被开发出来。QTL的定位