生物信息学应用PPT.ppt

数据分析   上海—中国生物信息中心 / NCBI----为分子生物学数据库及软件提供国际化的信息资源 其中包括人类基因工程，并且为计算生物学的研究以及生物医学信息的传播服务。 NCBI 已经帮助建立了一些新的数据库，这些数据库可以将已有的分子生物学数据库联合起来，以此来增强它们的功能，并且研发这些数据库之间的联接。 NCBI于1992年承担了GenBank DNA序列数据库。 NCBI科研人员组成 NCBI结构组成图 NCBI 以NCBI为例 数据库资源概览 单一信息查询 在某一个数据库中进行一类信息查询（序列、结构、文献等） 多信息查询 同时在多个数据库中进行信息查询（核酸，蛋白，结构，高通量数据库等） 综合信息查询 在一个数据库中查询相关的多种信息（GENE 、GEO等） 数据库查询 关键词 ACCESSION Gene Symbol Protein Name Author Name Journal Title E.C Number Organism 。。。。。。 单一信息查询 多信息查询 Gene数据库综合信息查询实例 以人波形蛋白Vinmentin基因为例 NCBI主页 查询结果 Vinmentin在Gene数据库的记录 Vinmentin在核酸数据库的Genbank格式记录 Vinmentin在核酸数据库的FASTA格式记录 数据提交 数据下载 数据库使用的学习 全球生物学数据库 Nucleotide Sequence Databases RNA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases Genomics Databases (non-vertebrate) Metabolic and Signaling Pathways Human and other Vertebrate Genomes Human Genes and Diseases Microarray Data and other Gene Expression Databases Proteomics Resources Other Molecular Biology Databases Organelle databases Plant databases Immunological databases Cell biology 如何查找最新的数据库 数据库分类 基因组数据库 人类基因组数据库 各种模式生物基因组数据库 核酸和蛋白质一级结构序列数据库 生物大分子三维空间结构数据库 由以上三类数据库和文献资料为基础的二次数据库 一次数据库 一次数据库 基因组数据库----来自基因组作图 序列数据库----来自序列测定 （表达数据……） 结构数据库----来自X-衍射和核磁共振结构测定 也称基本数据库、初始数据库 二次数据库 根据生命科学不同研究领域的实际需要，对基因组图谱、核酸和蛋白质序列、蛋白质结构以及文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和专门用途的二次数据库，是数据库开发的有效途径。 也称专门数据库、专业数据库、专用数据库、复合数据库 特点比较 一次数据库的数据量大，更新速度快，用户面广，通常需要高性能的计算机硬件、大容量的磁盘空间和专门的数据库管理系统支撑。 二次数据库的容量则要小得多，更新速度也不象一次数据库那样快，也可以不用大型商业数据库软件支撑。 基因组数据库 基因组数据库是分子生物信息数据库的重要组成部分，主要包括人以及鼠、河豚鱼、拟南芥、水稻、线虫、果蝇、酵母、大肠杆菌等各种模式生物。 GDB----人类基因组数据库 AceDB----线虫基因组数据库http://sanger.ac.uk 模式生物 基因组计划研究中具有代表性的 若干种生物，如小鼠、线虫、酿酒酵母、大肠杆菌等。 通过模式生物的研究，可以了解相关的其他生物的特征。 human Arabidopsis 拟南芥 Thermotoga maritima Escherichia coli大肠杆菌 Buchnerasp. APS Rickettsia prowazekii Ureaplasma urealyticum Bacillus subtilis Drosophila melanogaster Thermoplasma acidophilum Plasmodium falciparum Helicobacter pylori mouse Caenorhabitis