运用全局优化策略展望原核生物的直系同源基因.pdf

山东大学硕士学位论文 摘要 为了预测原核生物中的直系同源关系，我们开发了一种新的算法，称之为 STrategy)。与现有方法所不同，我们考虑了原核生物 GOST(GloballyOptimized 操纵子的结构在进化过程中的保守性，并且采用全局优化策略，在两个物种的基 因组之间所有的许多同源关系中，识别出其中的直系同源关系。我们还将GOST的 性能与其他3种较为流行的基于序列相似性的直系同源基因预测方法相比较，对 大量的原核生物基因组序列做计算。从覆盖度和错误率的原则上看，GOST都要好 于其他3种方法。同时，GOST的运算时效性也较高，可以在数分钟内计算出两条 原核生物基因组之间的直系同源关系。 关键词s原核生物，直系同源 3 山东大学硕士学位论文 Abstract We anovel called to developed GOST(GloballyOptimizedSTrategyJ algorithm detectthe between tookthe orthologousrelationshipprokawoticgenomes．We of intoconsiderationanduseda conservation operons’structure globa咐optimized a to the from strategyidentifyorthologousrelationshippre-calculatedhomologous GOSTwith 3 BLAST- between have other relationshipgenomes．Wecompared popular methodsrunwith 1000 itturnedoutthat based by nearlyprokaryoticgenomes．And betterthanother3methodbothin anderrorrate．Also GOST coveraIge performed GOSTiStime-e饷cientandcanfindoutthe between2genomes orthologousgenes within severaIminutes． approximately Kevwords：prokaryotics,otholog 4 山东大学硕士学位论文 预备知识 1生物信息学 生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分 析和解释等各方面的一门学科，它通过综合利用生物学，数学，统计学，计算机科 学和信息技术来揭示大量而复杂的生物