第1讲 生物信息学序列分析核酸和蛋白质数据库PPT.ppt

生物信息学 Bioinformatics;;教材、参考书和学术期刊;第一讲、核酸和蛋白质数据库;染色体;GenBank：由美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)建立。该中心隶属于美国国家医学图书馆，位于美国国家卫生研究院(NIH)内。 EMBL：欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, 其下有European Bioinformatics Centre)，主要位于英国剑桥Cambridge和德国汉堡Hamburg。 DDBJ：日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan）, 由the National Institute of Genetics, NIG主管。;这3个大型数据库于1988年达成协议，组成合作联合体。它们每天交换信息，并对数据库DNA序列记录的统一标准达成一致。每个机构负责收集来自不同地理分布的数据（EMBL负责欧洲，GenBank负责美洲，DDBJ负责亚洲等），然后来自各地的所有信息汇总在一起，3个数据库的数据共享并向世界开放，故这3个数据库又被称为公共序列数据库（Public Sequence Database）。所以从理论上说，这3个数据库所拥有的DNA序列数据是完全相同的。你可以从中选择一个你喜欢的数据库；但是如果你的研究需要实时(24小时以内)的，则要注意这些数据库间的记录是会有差异的。 ;北京大学生物信息学中心(Centre of Bioinformatics, Peking University): 北京华大基因研究中心(中国科学院北京基因组研究所)： /bgi_new/index.htm 清华大学生物系生物信息研究室： 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心: ;3、基因组数据库;大肠杆菌E Coli—— ECDC数据库 http://www.uni-giessen.de/~gx1052/ECDC/ecdc.htm 酵母菌Yeast ——CYGD数据库 http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/index.jsp 线虫 Caenorhabditis elegans ——AceDB数据库 /genome.shtml 果蝇 Drosophila ——FlyBase数据库 / ; 斑马鱼 Zebra fish 人类Human ——GDB数据库 /genome/guide/human;拟南芥 Arabidopsis ——TAIR(AtDB)数据库 /home.html http://www.kazusa.or.jp/kaos/ /tdb/e2k1/ath1/ /ResearchProjects/Arabidopsis/ ??稻 Rice ——RGP数据库 http://rgp.dna.affrc.go.jp (http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP) （/rice) / (/tdb/e2k1/osa1/);;Reference to : 方刚 , 陈蕴佳 , 高歌 , 刘翟 , 何坤 , 吴昕 , 顾孝诚 , 罗静初. 基因组数据库简介. 遗传 , 2003, 25(4): 440-444;4、学会查找和理解数据库中的数据信息;二、蛋白质数据库;SWISS-PROT和PIR是国际上二个主要的蛋白质序列数据库，目前这二个数据库在EMBL和GenBank数据库上均建立了镜像 (mirror) 站点。 SWISS-PROT数据库包括了从EMBL翻译而来的蛋白质序列，这些序列经过检验和注释。该数据库主要由日内瓦大学医学生物化学系和欧洲生物信息学研究所(EBI)合作维护。SWISS-PROT的序列数量呈直线增长。;PIR数据库的数据最初是由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation, NBRF）收集的蛋白质序列，主要翻译自GenBank的DNA序列。 1988年，美国的NBRF、日本的JIPID（the Japanese International Protein Sequence Database日本国家蛋白质信息数据库）、德国的MIPS（Munich Information Centre for Protein Sequences摹尼黑蛋白质序列信息中心）合作，共同收集和维护PIR数据库。PIR根据注释程度(质量)分为4个等级。;TrEMBL(Translated EMBL) 数据库也是一个蛋白质数据库，它包括了所有EMBL库中的蛋白质编码区序列，提供了一个非常全面的蛋白质序列数据源，但这势必导致其注释质量的下