第七章基因芯片PPT.ppt

第五节;五十年代DNA分子结构和半保留复制模型的建立， 六十年代基因编码的确定， 七十年代限定性内切酶的发现和DNA重组技术的建立， 八十年代PCR的发明， 九十年代人类基因组计划的实施。; 生物科学正迅速地演变为一门信息科学。 我们正由结构基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出（后基因组时代，蛋白组学），涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具，最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳（2-D-gel）（及相应的质谱法测蛋白分子量）和基因芯片（Genechip）技术 ;美国继开展人类基因组计划以后，于1998年正式启动基因芯片计划，美国国立卫生部、能源部、商业部、司法部、国防部、中央情报局等均参与了此项目。 同时斯坦福大学、麻省理工学院及部分国立实验室如Argonne Oakridge也参与了该项目的研究和开发。 英国剑桥大学、欧亚公司正在从事该领域??研究。 世界大型制药公司尤其对基因芯片技术用于基因多态性、疾病相关性、基因药物开发和合成或天然药物筛选等领域感兴趣，都已建立了或正在建立自己的芯片设备和技术。 目前全世界有几百家基因芯片公司，有多种生物芯片问世，而且这些芯片的特点较以前密度更高，检测方法更精确，特异性更强的特点。而主要仍以少数几家公司为主，如Affymetrix、Brax、Hysep等。 国内目前主要如清华大学（程京）、中科院生命科学院、上海复旦大学、北京军事医学科学院、南京东南大学、西安等四十余家公司，而且可能还有一大批公司相继成立。 ;基因芯片是信息时代的产物;生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。 而基因芯片中，最成功的是DNA芯片，即将无数预先设计好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成点阵，与样品中同源核酸分子杂交的芯片。 ;生物芯片的分类;根据探针的类型和长度，基因芯片可分为两类。 其中一类是较长的DNA探针（?100mer）芯片 这类芯片的探针往往是PCR的产物，通过点样方法将探针固定在芯片上，主要用于RNA的表达分析。 另一类是短的寡核苷酸探针芯片 其探针长度为25 mer左右，一般通过在片（原位）合成方法得到，这类芯片既可用于RNA的表达监控，也可以用于核酸序列分析。;元件型微阵列芯片 生物电子芯片 凝胶元件微阵列芯片 药物控释芯片 通道型微阵列芯片 毛细管电泳芯片 PCR扩增芯片 集成DNA分析芯片 毛细管电层析芯片 生物传感芯片 光学纤维阵列芯片 白光干涉谱传感芯片;小鼠基因表达谱芯片(MGEC)?目前国内基因芯片常见品种.(上海博星公司) ;癌症相关基因表达谱芯片(CRGEC)?目前国内基因芯片常见品种.(上海博星公司) ;人类基因表达谱芯片(HGEC)?目前国内基因芯片常见品种.(上海博星公司) ;6400点的基因芯片 （面积 12X14 mm);核酸杂交技术 是基因芯片应用的基础。;基因芯片的基本原理;这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。 亚序列中A、T、C、G 4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。 假如只考虑完全互补的杂交，那么48个8 nt亚序列探针中，仅有上述5个能同靶DNA杂交。 可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8 nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型（pattern）数据进行分析，重构靶DNA 的互补寡核苷酸序列。 ;原理 -- 通过杂交检测信息;基因芯片;;4. 基因芯片设计;确定芯片所要检测的目标对象 查询生物分子数据库 取得相应的DNA序列数据 序列对比分析 找出特征序列，作为芯片设计的参照序列。 数据库搜索 得到关于序列突变的信息及其它信息。 ;在进行探针设计和布局时必须考虑以下几个方面： (1)互补性 (2)敏感性和特异性 (3)容错性 (4)可靠性 (5)可控性 (6)可读性 ;２、DNA变异检测型芯片与基因表达型芯片的设计;３、cDNA芯片与寡核苷酸芯片的设计;４、寡核苷酸探针的优化设计;;基因芯片布局;5.基因芯片的制备;基因芯片使用步骤;基因芯片的制作方式;1、原位光蚀刻合成 ; 目前美国Affymetrix公司已有同时检测6,500个已知人类基因的DNA芯片，并且正在制备含500,000-1,000,000个寡核苷酸探针的人类基因检测芯片。该公司每月投入基因芯片研究的经费约100万美元。该产品不仅可用于基因表达分析和基因诊断等，而且在大规模药物开发方面也具有诱人的前景。 目前，用于分子诊断的DNA芯片不仅已可用于检测爱滋病病毒基因还可用于囊性纤维化（CF