生物医学仪器培LCMS蛋白质组学技术 .pptx

LC-MS为基础的蛋白质组学技术及其应用;上海普赛生物科技有限公司 service@;纲 要;基因组学、转录组学、蛋白质组学的技术优势 高通量，能从未知样品中一次性获得大量信息。有助于我们深入的对数据进行挖掘，能够真正做到有的放矢。 对于绝大多数科研工作者而已，其核心目的是通过运用这些高通量的组学技术，找到差异表达的基因/蛋白质！ DNA/mRNA的水平与蛋白质的水平不存在正相关性，因此，通过基因组和转录组的数据无法推知蛋白质的水平变化。 大多数的学术杂志都会要求做到蛋白质水平。运用高通量的蛋白质组学（Proteomics）技术结合传统的生物学实验方法，直接从蛋白质水平入手，现实高效。;蛋白质组与蛋白质组学;;LC-MS;8;9;Theoretical spectrum;上海普赛生物科技有限公司 service@;12;2D-GEL;14;15;2D-Gel和2D-DIGE技术，实验流程繁琐，实验重复性差，目前基本属于淘汰的技术，建议大家不要再用该类技术进行实验了。 后面我们会讲到SILAC、iTRAQ/TMT等定量蛋白质组学技术。;LC-MS相互作用分析;实验流程 大量培养细胞，提取蛋白质； 利用免疫沉淀（IP）或pull-down（GST, His）等富集与靶蛋白（bait）相互作用复合物（protein complex） IP样品进行SDS分离与考马斯亮蓝染色； 切割PAGE胶上的可见条带（band）； 对每个条带内的蛋白质进行Trypsin酶解，生成肽段； LC-MS对肽段分析； Database search完成蛋白质鉴定； 数据分析，筛选潜在的相互作用（多个）； IP、pull-down等实验验证相互作用； 深入的生物学功能分析，解析相互作用的分子机制。 ;Band excision;实例分析;21;22;23;24;25;26;27;28;29;其他相互作用;我们的服务;上海普赛生物科技有限公司| | service@;AACT/SILAC技术的原创发明人是：Xian Chen [University of North carolina (UNC) at Chapel Hill] AACT/SILAC原创文献： Chen X, Smith LM, Bradbury EM: Site-specific mass tagging with stable isotopes in proteins for accurate and efficient protein identification. Anal Chem 2000, 72(6):1134-1143. Xian Chen在发明该技术时，没有进行命名。后来才命名为AACT（Amino Acid-Coded mass Tagging） Amino acid-coded mass tagging for proteomics (2006) US patent No.7,125,685. ;2002年德国的Matthias Mann使用了该技术，并命名为SILAC； SILAC原创文献： Ong SE, Blagoev B, Kratchmarova I, Kristensen DB, Steen H, Pandey A, Mann M*: Stable isotope labeling by amino acids in cell culture, SILAC, as a simple and accurate approach to expression proteomics. Mol Cell Proteomics 2002, 1(5):376-386. Matthias Mann命名的SILAC，被广泛使用。所以大家基本上都称该技术为SILAC，很少有人知道AACT。 SILAC要比AACT晚2年！;Xian Chen 在2004年被聘为复旦大学的讲座教授，在复旦建立起了国内的AACT/SILAC定量蛋白质组学研究平台； Xian Chen是我在复旦的导师，我在复旦硕博连读6年！ 因此，上海普赛生物科技有限公司才是国内最专业做AACT/SILAC的！ 我们能为客户提供最专业的AACT/SILAC技术解决方案。;要 点;AACT/SILAC常用稳定同位素标记氨基酸;;;Classic AACT/SILAC设计组合;AACT/SILAC技术特色;AACT/SILAC差异蛋白质组实例分析;上海普赛生物科技有限公司| | service@;上海普赛生物科技有限公司| | service@;Summary 1107 proteins and 1037 proteins were identified in cytop