中科院南海所HPCC高性能集群用户使用手册集群系统简介与登陆.DOC

中科院南海所HPCC高性能集群用户手册 一、集群系统简介与登陆 本集群包含一个管理节点兼存储节点，16个刀片计算节点，其中每个计算节点包含2个CPU，每个CPU有6个核组成，32G内存。网络子系统由1台Dell M6220千兆交换机，用于管理网络，和1台Dell M3601Q 40G Infinband交换机用于计算网络组成。存储子系统为DELL MD3200 提供20T的存储空间。 本集群各节点操作系统为Redhat 5.5。集群目前使用SSH登录，登录IP为：07 用户登陆 登陆管理节点内/外网地址 07 ssh port 22 登陆计算节点 ssh node-00-00~node-00-15 远程登陆软件Putty、SSHSecureShellClient Putty获取地址 .uk/~sgtatham/putty/download.html 输入登陆地址： 在图”HostName(orIPaddress)”中输入IP：07,选中SSH协议，选择Port为22； 为这个连接起一个名字，在”SavedSessions”中输入此名字”南海所集群”。点击save按钮，这样”DefaultSettings”字样以下会出现“南海所集群”字样。 登录后的界面如下图： 二、编译系统 gcc v4.1.2: /usr/bin gfortran v4.1.2: /usr/bin perl v5.8.8 : /usr/bin PGI: /opt/pgi/linux86-64/9.0-1/bin/ Intel: /opt/intel/Compiler/11.1/064 三、并行环境 GCC编译的openmpi Open MPI: /usr/lib64/openmpi/1.4-gcc/bin/ PGI编译的openmpi Openmpibypgi : /opt/openmpibypgi/bin ifort编译的openmpi openmpibyifort : /opt/openmpibyifort/bin gcc编译的mpich1 MPICH1: /opt/mpich1/gnu/bin gcc编译的mpich2 MPICH2: /opt/mpich2/gnu/bin gcc编译的mvapich MVAPICH: /usr/lib64/mvapich2/1.4-gcc/bin pgi编译的mvapich MVAPICH2byPGI: /opt/mvapich2bypgi/bin ifort编译的mvapich MVAPICH2byifort: /opt/mvapich2byifort/bin 四、应用软件 Matlab2010a ： /opt/matlab/bin netcdf4 ：/opt/netcdf4/bin ncl或ncarg ：/usr/local/ncarg/bin Gards ：/opt/grads/bin ncview ：/opt/ncview RIP4 ： /opt/RIP4 ferret ： /usr/local/ferret Udunits2 ： /opt/udunits/lib 五、作业调度系统 Platform Lava，强大的开源作业调度程序 任务提交方法简介见第七节 六、环境变量设置 这是全局的环境变量，每个用户默认的环境变量 #mvapichbypgi export MPIHOME=/opt/mvapich2bypgi export PATH=/opt/mvapich2bypgi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/pgi/linux86-64/9.0-1/libso #PGI PATH export PGI=/opt/pgi/linux86-64/9.0-1 export PATH=$PGI/bin:$PATH export MANPATH=$PGI/man:$MANPATH export LM_LICENSE_FILE=$LM_LICENSE_FILE:/opt/pgi/license.dat #NCARG export NCARG_ROOT=/usr/local/ncarg export PATH=/usr/local/ncarg/bin:$PATH export DISPLAY=:0.0 export NCARG_LIB=/usr/local/ncarg/lib export NCARG_INC=/usr/local/ncarg/include #GrADS export GADDIR=/opt/grads/dat export GASCRP=/opt/grads/lib export PATH=/opt/gra