第4章 序列分析2011-part1.pptVIP

BLAST的结果（3） BLAST的帮助系统 BLAST Help Frequently Asked questions (FAQ) 生物信息学 Bioinformatics 什么是生物信息学？ 生物信息学就是利用信息技术对生物信息进行获取、储存、查询和分析，以解释这些信息数据所蕴涵的生物学意义的学科。 生物信息学分析 根据研究对象及目的分类： 1. macromolecular sequences; 2. expression profiles; 3. macromolecular structures; 4. biochemical pathways; 5. evolution history. 生物信息学分析的分类 第四章 序列分析 1.序列相似性分析 2.DNA序列特征分析 基因预测 CDS预测 概念性翻译 开放读码框（ORF） 非CDS特征预测 3. 蛋白质序列特征分析 4. EST分析 序列相似性分析的意义 进化关系推测 序列相似一般是由于进化同源，也有例外。 结构推测 功能推测 序列相似性分析的运用 已知序列的相似性比对：强调精确性。动态规划算法，如Needleman-Wunsch算法，Smith-Waterman算法。（双序列比对和多序列比对） 数据库序列相似性搜索：强调速度，原因是数据库大及WWW上的公众性访问。BLAST（NCBI）和FASTA（EBI）。 双序列比对—— BLAST 2 SEQUENCES Input 2 sequences Locus, Accession, and Gi Input 2 sequences BLAST 2 SEQUENCES SARS-- BJ02: AY278487 vs TAIWAN TC2: AY338175 BJ02: AY278487 vs TAIWAN TC2: AY338175 局部相似（反向、多重） 多序列相似性——算法 Progressive alignment: 用得最多。 多序列相似性比对－－ClustalW （1） 多序列相似性比对－－ClustalW （2） Phylip格式 What is phylogenetic analysis? A phylogenetic analysis of a family of related nucleic acid or protein sequences is a determination of how the family might have been derived during evolution. Two sequences that are very much alike will be located as neighboring outside branches and will be joined to a common branch beneath them. The object of phylogenetic analysis is to discover all of the branching relationships in the tree and the branch lengths. DNA序列比对与蛋白质序列比对 由于遗传密码的简并性，蛋白质序列比DNA序列更加具有同一性。 一方面，用蛋白质序列进行序列比对，对于进化关系探测的灵敏度更高，从而有利于寻找和联系亲缘关系较远的序列； 另一方面，用DNA序列进行序列比对，对于进化过程研究的灵敏度更高，仅仅进行蛋白质序列比对可能丢失与进化过程直接有关的一些信息。 第四章 序列分析 1.序列相似性分析 2.DNA序列特征分析 基因预测 CDS预测 概念性翻译 开放读码框（ORF） 非CDS特征预测 3. 蛋白质序列特征分析 4. EST分析 概念性翻译（Conceptual translation） 根据遗传密码表，理论上可以对任意一个DNA序列进行翻译而得到氨基酸序列，称为概念性翻译；这种通过计算机翻译而不是实验手段测定得到的蛋白质序列称为概念性序列或假设序列。 六框翻译（Six-frame translation） 对任意给定的一段DNA序列，不知道其读码方向（即不知其是正义链还是反义链），也不能确定其编码区是否从第一个碱基开始，则必须将其所有的读码框全部都翻译出来，即—— 先以所给DNA为模板，分别从（5’－3’）第1、2、3个碱基开始翻译，得到3种翻译结果； 再以其互补链为模板，依次从（5’－ 3’）第1、2、3个碱基开始