双歧杆菌Ⅱ型毒素―抗毒素系统―MazEF分子进化分析.docVIP

双歧杆菌Ⅱ型毒素―抗毒素系统―MazEF分子进化分析 　　【摘要】 目的：对双歧杆菌属编码的Ⅱ类毒素-抗毒素（TA）系统MazEF进行分子进化分析。方法：利用PSI-BLAST在NCBI中搜索获得双歧杆菌编码的MazF分子序列，在NCBI蛋白数据库、核酸数据库分别下载其他菌属基因组编码的MazF蛋白序列和本研究所涉及菌属的16 S rRNA序列，应用Clustal X2和MEGA4软件对MazF做分子进化分析。结果：共搜索到双歧杆菌株染色体编码毒素蛋白MazF 26个。分子进化分析显示：整个双歧杆菌属的MazF保守性不好；MazF与16 S rRNA的共进化仅在个别菌种中发现，大部分MazF的聚类结果与相应菌种16 S rRNA的聚类结果不同。结论：双歧杆菌中的TA系统MazEF可能是通过基因的水平转移整合入基因组中，属于菌株非核心基因组部分。 　　【关键词】 MazEF； 毒素-抗毒素系统； 分子进化； 双歧杆菌 　　Ⅱ类毒素-抗毒素（TA）系统，最早在1982年于大肠埃希菌的低拷贝质粒中发现。其后发现，TA系统同样存在于细菌染色体上，也存在于一些外源DNA岛如噬菌体、转座子、超级内含子和质粒中，由于近年来发现其参与细菌的多种应激调控过程而被广泛关注[1]。生物信息学分析发现：多达750个细菌和古细菌的基因组中存在Ⅱ类TA系统；自生微生物的基因组中一般含有多个Ⅱ类TA系统编码基因，而在严格的胞内微生物基因组中未发现Ⅱ类TA系统编码基因；以上证据提示Ⅱ类TA系统对微生物的生存具有重要作用。主流观点认为：TA系统可能作为一个特殊的压力反应原件，在细菌对不利环境的应激调控过程中发挥重要作用[2-3]。根据TA系统中氨基酸序列的相似度，Ⅱ类TA中的毒素蛋白被分为9个家族，包括CcdB、RelE、MazF、ParE、Doc、VapC、ζ、HipA以及HigB[3]。根据毒素蛋白的分类，相应TA系统被分为9类。其中，MazEF是最早在大肠埃希菌基因组中发现、研究最为深入的Ⅱ类TA系统之一，参与细菌对营养饥饿、抗生素、高温、DNA损伤等应激反应调控[1，4]。 　　双歧杆菌（Bifidobacterium）是母乳喂养的婴儿肠道中的优势菌，具有对宿主多方面的益生作用，如拮抗肠道病原体、调节免疫、平衡肠道菌群等[5-20]。作为一种模式益生菌，双歧杆菌经常与其他乳酸菌一起用于益生菌制品的生产，在食品、医药、畜牧等领域应用广泛。作为益生菌使用的双歧杆菌在工业加工、储藏、运输以及进入宿主胃肠道的过程中会遭遇各种环境胁迫，如酸、热、氧气、营养匮乏和高渗透压等各种不利刺激。目前，已经有近40株双歧杆菌进行了全基因组测序，但是它们的基因组中是否存在MazEF、它们分子的进化关系如何、是否参与双歧杆菌对多种不利环境的应激调控均不清楚。由于构成TA系统的一对毒素蛋白（MazF）和抗毒素蛋白（MazE）处于共进化的状态，MazF的进化状态可以代表TA系统MazEF的进化状态[21]。因此，本研究通过对双歧杆菌MazF的进化分析间接研究MazEF的分子进化。作者在NCBI数据库中获得双歧杆菌编码的MazF，对其进行多序列比对；进一步将来自双歧杆菌属和其他菌属的毒素蛋白MazF和菌株16 S rRNA的进化分析结果进行比较，完成对双歧杆菌MazEF的分子进化分析。 　　1 资料与方法 　　1.1 一般资料 MazF蛋白和16 S rRNA序列菌株来源均下载自NCBI，包括B. longum，B. breve，B. stellenboschense，B.ruminantium， B. kashiwanohense， B. bifidum， Streptococcus mutans， Mycobacterium tuberculosis， Escherichia coli， Lactobacillus plantarum， Lactobacillus acidophilus和Lactobacillus johnsonii。 　　1.2 方法 MazF蛋白和16 S rRNA序列获取通过PSI-BLAST在NCBI中搜索，获得双歧杆菌染色体编码的MazF；通过NCBI蛋白数据库（http：///protein/）下载其他菌属染色体编码的6个MazF序列；而16 S rRNA序列下载自NCBI核酸数据库（http：///nuccore/）。 　　1.3 统计学处理 分别应用Clustal X2和MEGA4软件进行多序列比对和进化图绘制。 　　2 结果 　　2.1 双歧杆菌染色体编码MazF情况 共搜索到双歧杆菌染色体编码毒素蛋白MazF 26个。其中，21个MazF编码基因存在于B. longum、B. breve染色体上，其余位于其他5种双歧杆菌染色体中，见表1。双