二聚杯芳烃一类新主槽键合试剂.docxVIP

二聚杯芳烃：一类新的主槽粘合剂WenbinHu,CarolineBlecking, MarijetaKralj, Lidija Sˇ uman,IvoPiantanida, and Thomas Schrader*摘要：一种新的DNA键合试剂被提出。阳离子基团作用于二聚杯4芳烃的上层边缘，并且灵活的烷基桥可以被三重乙酰基保护的杯4芳烃羟化四甲铵在相对短的合成序列中合成。（3-5步骤）。这些化合物把自己与双链核酸用非共价键连接，用微摩尔到微毫摩尔的作用力。带有延长氢键的胍盐基团比铵基更强大，并且苄胺系列优于苄氨基系列（见下）。新的配体能简单地区别于RNA和各种DNA，并且可以在紫外，可见光，荧光，CD和核磁共振谱中产生特性变化。特别是低聚核苷酸，超过100个碱基对的亲和力增强，从RNA（10微摩尔Kd）AT-富（1微摩尔）GC-富 DNA双层(100-10纳摩尔)。溴化乙锭位移研究证实这种规律。CE50值非常低，比典型的键合剂精胺少300倍。化学计量法比之更高（一个杯芳烃二聚每两个BP），暗示了一个潜在的内部主槽的聚合配体。多数紫外/可见曲线显示一个倒置的形状，并且开始增强DNA化合物的吸收强度。DAPI位移研究表明一个杯芳烃二聚物可以被容纳在燃料加载的DNA中。RNA通过杯芳烃二聚物络合是由一个激烈的CD光谱过渡。从典型的形式A到优秀的结构B，这提供了主槽键合剂进一步研究的证据。配体的方向可以由NMR推导出来，并且可在1:1复合物的水里进行蒙特卡洛模拟再重现。关键词：杯芳烃圆二色性 DNA识别荧光探针氢键分子识别紫外/可见光谱引言核酸识别是一个基本的生物过程。它是一个主要的先决条件的基因表达。所有转录因子和蛋白质调节在一个特定的DNA片段上并且促进或者抑制转录各自的基因。此外，无数其他自然产品专为DNA识别，正如同许多合成的试剂。这些化合物都被绑定到不同区域的双链核酸上，有着深远的生物影响。事实上，很高比例的临床药物抗肿瘤试剂都是DNA键合剂。他们的作用机制主要是依靠夹层（阿霉素）和双链中断的病变或交叉链接（举个例子，顺铂和环磷酰胺），但是这些都有严重的副作用。统称使用四种不同途径进行DNA识别：夹层进碱基对，非特定的绑定到糖磷酸盐骨干上，主副槽的插入。为解决一个特定的目的基因，后两个案例是有利的，因为，基本序列可被访问并且是可读的。Dervan等人已经开发出一种酰胺低聚物，能建立成对的氢键接触到所有的碱基对组合，并且能够阅读一个4-7个碱基片段在小沟槽里面。在游离的人类红血球，艾滋病毒转录，今后，可以有效地抑制病毒的复制。自然更喜欢使用更广泛的大槽，它有正确的尺寸去适应圆柱形的氨基酸α螺旋线。蛋白质如锌指，亮氨酸拉链，螺旋状螺旋和螺旋循环螺旋结构都很好地适用于这个用途。碱基对的分子识别通过氢键发生，优先与碱基和氨基酸。这样的残留物进一步稳定了磷酸离子形成的复杂盐桥。在某些特定的情况下，拥有嘌呤的低聚核苷酸可以存在于Hogsteensites现有的双螺旋线然后形成三重螺旋，它阻止了调节蛋白质的途径。尼尔森介绍了一个更普通的和简化的概念，他设计了无电荷的肽核酸去形成（DNA）(PNA)2的三重结构。令人惊讶的是，很少有纯粹的非键合的主槽。Mascarenas等人结合了氨酸拉链或锌指作为同步大小的主槽固定，获得了对于双链DNA的选择性绑定。2001年，汉侬小组合成了能舒适地进入主槽的DNA。这个超分子亚铁离子的圆筒引起了DNA的弯曲和螺旋，并固定成三种稳定的连接点。另一个主要的无机构造是舒米的金原子簇，它引起了肿瘤细胞的坏死，并且被计算出能非常适合主槽DNA的维度。十年以前，阳离子杯4芳烃对DNA有很强的亲和力是被大家所知的。施耐德，恩伽罗和其他人合成了三甲基铵和胍盐片段，表明了可以通过电泳淌度实验得到络合物。然而，杯芳烃是否能识别磷酸盐离子一直被争论着，多重的静电相互作用力导致了DNA的弯曲，最后这个事实被AFM技术所证明。我们最近制得了用简单烷基间隔的聚苯胺基杯芳烃，并把它作为一种新的强有力的DNA键合物，研究了有和没有附加正电荷的对于扩展间隔的影响。结果表明这种关系可以被优化，DNA的大部分结构可以通过一个简单杯芳烃二聚物同时合成。这可能会为对DNA的序列识别铺平道路。提供这主槽插入可以被证明作为底层绑定机，并且间隔区可以用核酸碱基对的识别单元所替代。这个工作积累了大量的证据，来证明这个主要槽绑定模式。结果和讨论没有晶体或NMR的结构，所以确定一个新的DNA键合物的机理并不是一个微不足道的任务。夹层可以被排除因为最紧凑的捏锥构象是他的首选尺寸。然而，骨干识别和副槽插入必须被考虑作为可替换物对于提出的主槽绑定模式。为了这次调查范围的扩大，我们决定合成四种不同种类的杯芳烃二聚物，它们仅仅在上沿修饰的阳离子功能不同：苯胺基杯芳烃1