茸毛偃麦草1st染色体上重复序列研究与特异分子标记开发-study on repeat sequences and development of specific molecular markers on the 1st chromosome of elytrigia villosa.docxVIP

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2018-07-29 发布于上海
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茸毛偃麦草1st染色体上重复序列研究与特异分子标记开发-study on repeat sequences and development of specific molecular markers on the 1st chromosome of elytrigia villosa.docx

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茸毛偃麦草1st染色体上重复序列研究与特异分子标记开发-study on repeat sequences and development of specific molecular markers on the 1st chromosome of elytrigia villosa

摘要摘要 I I 摘要中间偃麦草（Thinopyrum intermedium, 2n=6x=42, JJJsJsStSt）是小麦十分重要的野生近缘物种，属于小麦的三级基因库，具有非常多的优良基因，其适应环境以及繁殖能力都很强，是小麦品质改良过程十分重要的供体。茸毛偃麦草（Thinopyrum intermedium ssp. Trichophorum）是中间偃麦草的一个新亚种。与中间偃麦草相比，它的不同之处在于不仅其穗部和叶片上都覆盖有茸毛，而且染色体上的异染色质条带也有着十分明显的差异。但是和中间偃麦草一样，茸毛偃麦草也免疫小麦三锈，另外它还对赤霉病表现为高抗。本研究通过分析茸毛偃麦草 1St 染色体上的串联重复序列，获知了该条染色体上串联重复序列的基本组成以及分布特征，并通过 SLAF-seq 技术开发得到了一些茸毛偃麦草 1St 染色体特异分子标记。本研究的具体内容和研究结果如下： 1 利用开放软件和自编程序对茸毛偃麦草 1St 染色体上的微卫星和小卫星序列进行了查找、统计和分析，发现该染色体基因组中包含 1,390 个微卫星和 435 个小卫星。 2 在微卫星中，发现重复数目最多的重复类型是二碱基重复，其次是三碱基重复，然后是单碱基重复，再往后依次是四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复。在单碱基重复类型中，重复拷贝类型为 A 的重复数目最多；二碱基重复类型中， AT 的重复数目最多，其次是 AC 和 AG；三碱基重复类型中，以 AAT 为重复拷贝类型的重复数目最多。在重复序列的数目频率分布上，二碱基重复类型的重复序列数目近似为正态分布。 3 在小卫星中，主要的重复类型是三碱基重复和四碱基重复，占九成的比例。重复数目最多的重复类型是十四碱基重复，小卫星都是富含 A/T 的重复序列。小卫星的重复单位长度分布界限为 7-36，集中分布在 7-25 之间。随着重复单位长度的增加，由对应的重复序列数目大致上呈递减的趋势。 4 基于 SLAF-seq 技术，获得了 359 个茸毛偃麦草 1St 染色体特异 SLAF 片段，随机选择 114 个特异片段，通过引物设计，聚合酶链式反应扩增以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，开发得到 37 个茸毛偃麦草 1St 染色体特异分子标记，效率达 32.46%，这些分子标记可用于特异性检测不同小麦-茸毛偃麦草衍生材料中的 1St 染色体或片段。关键词：茸毛偃麦草，1St 染色体，重复序列，小卫星，分子标记 AB ABSTRACT II II ABSTRACT Thinopyrum intermedium (2n=6x=42, JJJsJsStSt), is a very important wild relative species of Triticum. As the third gene pool for wheat, it is a quite valuable donor for quality improvement, since it has many valuable genes and high ability to adapt to the stressful environment. Compaired with common Th. intermedium species, Thinopyrum intermedium ssp. trichophorum is a new subspecies. Except the performance of hairs covering the panicle and leaf in Th. intermedium ssp. trichophorum, it also has a very significant difference on chromesome bands in the heterochromatin of chromosome. Besides, it is immune to rusts and can also be resistant to fusarium head blight. The object of this paper focused on two aspects. Firstly, we attempted to investigate the composition and distribution character of tandem repeats in the chromosome 1St genome of Th. intermedium ssp. trichophorum by analyz