水稻稃片失绿突变体及其ds标签基因鉴定-chlorosis mutant of rice lemma and identification of ds tag gene.docxVIP

水稻稃 水稻稃片失绿突变体及其 Ds 标签基因的鉴定 中文摘要 I I PAGE PAGE IV 中文摘要 随着水稻基因组全核苷酸序列测定工作的完成，功能基因组学研究已经成为 水稻分子生物学研究的重要内容。开展水稻重要农艺性状相关基因的定位、克隆 和功能分析等方面的研究，对于水稻和其它禾本科植物都具有十分重要的理论意 义和应用价值。突变体库的构建是功能基因组学研究的一条重要的途径。近年来， 利用插入突变构建突变体库的方法得到了广泛应用，Ac/Ds 标签系统构建插入突变 体库是最常用的方法之一。 本研究从粳稻品种 Dongjin（Oryza sativa L. var. Japonica cv. Dongjin）的 Ac/Ds 插入突变株系中发现了一例稃片失绿突变体，对突变体植株表型进行了初步的形 态和生理学鉴定；同时，利用 TAIL-PCR 技术分离了突变体 Ds 插入部位的侧翼序 列，并利用生物信息学分析对其进行染色体定位和相关基因的结构和功能预测。 此外，基于多重 PCR 技术对突变体后代的 Ds 插入进行了基因型分析。本研究取 得了以下主要结果： 与野生型水稻相比，稃片失绿突变体表现为植株抽穗后内稃和外稃均呈白色， 其它部位（如叶片、穗轴及小梗）均呈正常的绿色，成熟后稃片转黄。随机选取 突变体和野生型水稻各 100 株，测量比较两者在株高、分蘖数、千粒重等指标上 的差异，并通过 SPSS 软件进行数据分析。结果显示，稃片失绿突变体在株高、分 蘖数上与野生型均有显著差异。同时，分析突变体与野生型抽穗期稃片中叶绿素 的含量，结果显示，与野生型相比，突变体抽穗期稃片中叶绿素、类胡萝卜素含 量均显著降低。 采用 TAIL-PCR 技术，从稃片失绿突变体基因组 DNA 中扩增并分离出 Ds 插 入部位的 2 条侧翼序列。经过序列测定和生物信息学分析，对 Ds 的插入位点进行 了染色体定位。以 Ds 侧翼序列为待查询序列进行 NCBI-BLAST 在线分析，同源 比对结果显示，两个序列分别与水稻第 3 号染色体上的克隆 B1339A06 (GenBank: AC148339.1; GI及第 12 号染色体上的 BAC 克隆 OSJNBa0030G16 (GenBank: AL713943.3；GI序列高度一致。 以 Ds 插入位点为基点，分别从该克隆获取长 10 kb 的长序列，用 FGENESH 中文摘要 水稻稃片失绿突变体及其 Ds 标签基因的鉴定 和 GeneMark.hmm 两种软件分别对 Ds 插入位点的下游基因的结构进行预测，获 得外显子的数目、大小、位置。分析结果表明，两个 Ds 插入位点均为非编码序列。 在 3 号染色体上 Ds 插入位点的下游基因编码 164 个氨基酸，Ds 插入在转录起始 位点上游 994 bp 处。在 12 号染色体上 Ds 插入位点的下游基因编码 680 个氨基酸， Ds 插入在转录起始位点上游 14213 bp 处。利用预测的氨基酸序列，进行 NCBI Entrez server 和 Pfam 在线比对，对下游基因进行功能预测，推测基因的编码产物。 结果显示，推测 3 号染色体 Ds 插入位点的下游基因编码产物为遍在胁迫蛋白 （USP）家族，12 号染色体上 Ds 插入位点的下游基因编码产物为逆转座子 gag 蛋 白（Retrotransposon gag protein）。 根据 3 号染色体上 Ds 插入位点两端的核苷酸序列以及 Ds 内部序列设计引物， 建立多重 PCR 反应分析了突变体后代植株的 Ds 插入基因型。结果显示，突变体 及其后代植株的 Ds 插入均为杂合型。 本研究结果表明，该稃片失绿突变体为含双拷贝 Ds 元件的插入突变体，其表 型和 Ds 标签基因的染色体定位均不同于业已报道的性状相关突变体。本研究可望 为进一步揭示稃片光合色素相关基因的表达和调控机理提供遗传材料。 关键词：水稻；稃片；失绿突变体；Ds 插入；TAIL-PCR 作 者：杨婉婷 指导老师：孙丙耀 Ide Identification of a rice mutant with pigment-deficient lemma and palea and characterization of the Ds-tagged genes Abstract III III PAGE PAGE IV Identification of a rice mutant with pigment-deficient lemma and palea and characterization of the Ds-tagged genes Abstract With