分子动力学模拟实例-扩散系数-7.ppt

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2018-08-09 发布于广东
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分子动力学模拟实例-扩散系数-7.ppt

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分子动力学模拟实例;;1、Getting started;2. To set up the initial structures ;3. To build an amorphous cell ;build an amorphous cell;build an amorphous cell;4. To relax the cell -Discover Setup ;4. To relax the cell--Discover Minimizer ;Modules | Discover | Dynamics ;Modules | Discover | Dynamics;5. To run and analyze molecular dynamics ;Right-click and choose Label from the shortcut men to open the Label dialog. Select the ForcefieldType property and click the Apply button. ;Select Edit | Atom Selection from the menu bar.;On the Label dialog click the Remove All button and close the dialog.;select oxygen from the Choose sets dropdown list ;mean square displacement (MSD) of the oxygen atoms with time;MSD;Expand the Dynamic node and select Mean squared displacement ;On the Discover Analysis dialog, select oxygen from the Choose sets dropdown list. Click the Analyze button and close the dialog. ;6. To export data and calculate the diffusivity ;;;