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SSR标记及其在葡萄上应用 　　摘　要：SSR(simple sequence repeat)作为第2代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记，数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传。对SSR引物开发，SSR标记在葡萄品种别、系谱重建、遗传图谱构建、商业品种保护等方面的研究进展进行了综述，并指出了未来的研究方向。 　　关键词：葡萄；SSR标记；应用 　　中图分类号：S663.1 文献标识码：A 文章编号：1009-9980(2008)0l-93-09 　　重复序列DNa(epetirive sequences DNA)包括卫星DNA(satetellite DNA)、小卫星fminisatellitel和微卫星(mierosatellite。simple sequence repeat，SSR)3类，其中微卫星重复度最低。典型的微卫星序列一般是由5～100个串联重复序列单元构成，重复单元含1-6个碱基[如(GA)。，(GATA)nJ。真核生物中，估计有10g~105个微卫星位点随机分布于整个基因组中，这些丰富的微卫星序列可以组成无数的多态性位点，从而作为遗传标记加以利用[1-3]。 　　微卫星起初只是作为探针，用于真核生物基因组的RFLPfRestrietion Fragment Length P0lvmot-phisml研究。PCR(polymerase chajn reaction)技术建立以来，SSR标记以其数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传等特性已广泛应用于品种鉴别、种质资源管理、遗传图谱和系谱构建以及品种保护等方面。随着SSR标记技术的广泛应用，它在葡萄方面也有大量利用的报道。本文综述SSR标记的发展，及其在葡萄方面的应用进展。 　　 　　1　SSR标记的发展 　　 　　1.1　葡萄属基因组SSR标记的发展 　　Thoma8等[4]首先研究了SSR标记在葡萄品种鉴别上的应用，发现微卫星序列在葡萄中广泛存在，可以为欧亚种葡萄品种(vitis vinifera L.)鉴别提供大量信息，而且SSR位点可用于葡萄属不同种的研究，通过系谱分析发现ssR标记为共显性遗传。因此，sSR标记适合用来构建遗传图谱和遗传关系的分析研究[5]。不仅如此，SSR标记跨种(cross-species)、跨属fcross-genera)的可转移性“ransferability)也很强[4.6-10]。 　　随着葡萄SSR标记研究的发展，一些研究小组相继开发了SSR引物[6.11-12]。SSR标记的鉴定及建立成本高而且费时，其过程包括葡萄基因组文库的构建、利用微卫星探针对文库进行筛选、含有微卫星克隆的测序、利用微卫星侧翼序列设计SSR引物、优化SSR-PCR反应条件、分析扩增产物的多态性。采用上述方法，几个不同的实验室开发了大约190多对SSR引物[5-6.8-12]。然而，葡萄的科学研究。特别是葡萄属基因组作图研究需要大量的SSR标记，葡萄微卫星协会(Vitis Microsatellite Consomum，VMC)于1997应运而生。这个国际性协会由1家私有公司fAgrogene，Francel和不同国家的21个研究型实验室构成，文献[7，9，13]发表的引物有57对。利用基因组文库的微卫星序列，VMC已经开发了360多对新的SSR标记引物,引物序列可以在希腊葡萄数据库和NCBI数据库获得(Greek Vitis database.http：//gvd.biology.uoc.gr/gvd/；http：//)。 　　 　　1.2　基于EST(Expressed Sequence Tag)的SSR标记 　　随着功能基因组研究的深入，积累了大量的基因组DNA序列数据和EST数据。通过计算机分析可发现大量SSR的存在。公共数据库(如EMBL、GenBank、DDBJ)作为微卫星位点的来源，广泛应用于生物微卫星的研究，如马铃薯[14]、高梁[15]、大豆[16]等。随着cDNA文库的构建和EST数据库的发展。EST-SSR标记已在水稻[17]、葡萄[18]、白菜[19]等作物上有成功的报道。利用EST数据库筛选微卫星位点快速而简便，可以获得多种重复类型和单元，获得的SSR引物序列高度保守，多态性稍低，但这些标记在近缘物种中具有更大的转移性，即从一个物种中开发的SSR引物，可能在其它物种中也适用。此外，从EST数据库中开发的SSR出现在基因丰富的转录区域，可直接对基因作图。 　　从已经构建的葡萄EST文库中可以筛选大量的SSR标记[20-22]。Scott等[18]和Decroocq等[23]分析了葡萄的EST数据，并筛选