一个系统水平上的微生物调控基因组模型.PDF

一个系统水平上的微生物调控基因组模型 黄志韬 孙霄鹏 Abstract 作者感兴趣的问题 与真核生物不同，微生物所拥有的遗传信息十分 “简练”，只有很小的基因组和比较少的调控元件。那 么如何在不同的环境下调控自身的生理状态？ 作者所做的工作 通过已有的数据构建一个模型来捕捉动态的环 境与基因组编码调节程序间的互作。并通过一些已有 的数据和自己的一部分实验来验证模型的准确性 作者取得的一些成就 1、顺式作用元件对全基因组范围内的基因调控的贡献，以 及受到特定环境影响的转录因子对那些环境特异性应答的 效用。 2、部分抛弃了原有的调节子和操纵子的概念，定义“核” 的概念并归类了不同环境下基因与基因间的关联。 3、利用模型捕获不同的环境条件下对细菌适应性影响协同 的基因，并研究它们受整个基因组的调控机制 4 、提供了EGRIN2.0模型的网络服务，帮助促进合成生物 学的发展。 介绍词汇简写 GRNs:基因调控网络 GREs:基因调控元件 TF:转录因子 EGRIN:环境和基因调控影响网络 Corems:共调控基因重叠位点 RegulonDB:大肠杆菌转录调控数据库 Results 构建EGRIN2.0的模型 EGRIN2.0可以预测经过试验验证的调控机制 利用“核”的定义来研究对细菌适应性影响相似的基因 核群体聚集5倍于RegPrecise、RegulonDB或WGCNA的高相关适应性的基因 对。最重要的是，即便去除掉所有调节子和操纵子的影响，核依旧可以 保持对适应度影响相似基因的高度富集。这显示基因间的核模型调控关 联可以不用存在的调节子和操纵子来解释。 EGRIN2.0可以预测基因启动子内GREs详细的组成和其在特定环境下的重要作用 每个启动子中的特定环境下激活的GREs将基因归类为不同“核” 在不同的环境（ec516013，ec512751，ec516034 ）下，尽管PurR和ArgR 处在同一个启动子区，它们的活性并不协同（这里的倍数是与D图相比） 这种现象并不能用操纵子的概念很好的解释 操纵子内特定环境下激活的GREs会产生并调控多种部分重叠的转录异构体 同一个操纵子内的三个不同的核，在特定的环境下受到不同的 GRE调节 不同的颜色代 表不同的GRE 以及“核”模 型与环境和功 能的相关性 “核”模型 中的基因数 量 在特定环境下，一些转录因子的表现相似，并以此调控它们对应的调节子内相关一系 列基因 不同的环境（分别以红、 绿、蓝表示）导致三个不 同的“核模型基因受到的 调控不同 不同的“核”所对应的基 因在代谢通路中的分布情 况 不同的环境下每个 “核”的缺失株的 环境适应性的协同。 *代表测试的显著 性 EGRIN2.0预测不同环境对基因组内的