液相层析串联式质谱技术於蛋白质一级结构分析应用.pdfVIP

中華民國九十六年第六十五卷第二期 CHEMISTRY (The Chinese Chemical Society, Taipei) June 2007, Vol. 65, No. 2, pp. 105-112 105 專題報導 液相層析-串聯式質譜技術於蛋白質 一級結構分析的應用 蔡有光 國立陽明大學 生化暨分子生物研究所 蛋白體研究中心 摘要：蛋白質一級結構包括胺基酸序列與後轉譯修飾兩部分，是蛋白質特性研究的目標之一。液相層析 串聯式質譜儀(LC-MS/MS)技術，近來逐漸成為蛋白質結構分析的核心工具之一。本文將以探討蛋白質一 級結構分析樣本的特性與 LC-MS/MS 所得資料的內涵著手，討論液相層析串聯質譜於蛋白質一級結構分 析的理論基礎，作為檢討與發展分析方法的依據。並將回顧過去數年中，本實驗室於蛋白質身分鑑定、 核糖體碼格變移、後轉譯修飾等分析技術中，方法開發的經驗與技術應用的結果。最後，並以「反相分 子生物學」(reverse molecular biology)的概念，展望此技術在蛋白質結構分析的未來發展。 關鍵字：液相層析-串聯式質譜技術、蛋白質一級結構、蛋白質身份鑑定、核糖體碼格變移、蛋白質後轉 譯修飾反向分子生物學。 何謂蛋白質一級結構? 本原因是：由一級至四級四個層次的蛋白質結構，具有 What is protein primary structure? 直接的因果關係;亦即：一級結構決定了二級結構，二級 結構決定三級結構，三級結構決定四級結構。若是以數 蛋白質的結構分析，共可分成四個層次(圖一) ： 學的函數概念加以串接，可以導衍出一關係式：一級結 一級結構(primary structure)— 包括線性的胺基酸序列 構可以決定四級結構(圖一) 。因此，經由各個蛋白質的 與後轉譯修飾(posttranslational modification); 二級結構 一級結構的分析，包括胺基酸序列與後轉譯修飾，理論 (secondary structure)— 蛋白質多胜肽鏈於局部形成的 上可以解釋蛋白質四級結構如何解離與形成，也應該可 立體結構;三級結構(tertiary structure)— 即單條多胜肽 以推導蛋白質﹙複合體﹚的功能消長。許多生物研究數 鏈所形成的立體結構;四級結構(quaternary structure)— 據已明確顯示，蛋白質的一級結構—尤其是後轉譯修飾 即多個多胜肽鏈所形成的蛋白質複合體結構。 的部份，是影響蛋白質之間交互作用的重要決定因素。 一級結構中的胺基酸序列，由核糖核酸直接轉 譯，屬於相對穩定不變的部份;而後轉譯修飾，無論是 添加與減除，常受複雜的酵素系統與細胞架構所調控， 屬於相對不穩定、可快速變化的部份。 蛋白質一級結構分析究竟有何重要性? Why are the analyses of protein primary structures important? 由於絕大部分的蛋白質，都是以複合體的形式進 行其生物功能;因此，四級結構分析理論上是蛋白質功能 研究最直接且切題的工具。而探討特定四級結構的形成 機轉，分析一級結構上的變化為其中的重要關鍵。其根 圖一 蛋白質各級結構與蛋白質功能間的函數關係。 106 中華民國九十六年第六十五卷第二期 另一方面，許多分子生物學的實驗結果也呼應著 到 45 條以上的胜肽。若考慮反應不全、蛋白質 相同的結論︰一級結構的變化，尤其是後轉譯修飾的部 污染、酵素自我裁切等因素，胜肽數目更會增加 份，是調節蛋白質各種性質，如衰減速率、細胞內輸送、 許多。 酵素活性等，最直接快速的分子機轉。因此，許多分子 (二)