基于基因表达谱与分子指纹技术研究复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化物质基础和作用机制.docVIP

基于基因表达谱与分子指纹技术研究复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化物质基础和作用机制 　　[摘要]该文利用基因表达谱和分子指纹技术研究探讨复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的物质基础和作用机制。首先，收集人颈动脉粥样硬化和正常组织的基因表达谱数据，采用芯片显著性分析（significanceanalysisofmicroarray，SAM）方法筛选出差异基因;利用DAVID软件对差异基因进行GO分析和KEGG通路分析;为了避免遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因，文中进行了GSEA分析;将差异基因集输入到Cmap，获得7个负性富集分数较大的药物分子，预示这些药物能逆转调控疾病组织的基因表达谱;最后，根据结构相似的分子具有相似活性的特点，将复方丹参滴丸的336个成分与7个药物分子进行2D分子指纹的相似度比较。结果显示：SAM法筛选得到147个差异基因，其中上调基因60个，下调基因87个。GO分析中，生物过程（biologicalprocess）主要涉及生物附着、损伤反应和炎症反应等;细胞组成（cellularcomponent）主要涉及胞膜外区、细胞外隙和质膜等;分子功能（molecularfunction）主要涉及抗原结合、金属内肽酶活性和多肽结合等。KEGG通路分析主要涉及JAK-STAT，RIG-I样受体和PPAR等信号通路。复方中有10个成分与Cmap筛选出的药物分子具有非常相似的结构（Tanimoto系数均大于0.85），如hexadecane，提示可能是复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的主要药效成分。该方法可用于研究中药复方的药效物质基础和分子作用机制。 　　[关键词]基因表达谱;分子指纹;丹参滴丸;物质基础;作用机制 　　StudyonactionmechanismandmaterialbaseofcompoundDanshendripping 　　pillsintreatmentofcarotidatherosclerosisbasedontechniquesofgene 　　expressionprofileandmolecularfingerprint 　　ZHOUWei1，2，3，SONGXiang-gang1，2，3，CHENChao1，2，3*，WANGShu-mei1，2，3，LIANGSheng-wang1，2，3* 　　（1.SchoolofTraditionalChineseMedicine，GuangdongPharmaceuticalUniversity，Guangzhou510006，China; 　　2.TheKeyUnitofChineseMedicineDigitalizationQualityEvaluationofSATCM，Guangzhou510006，China; 　　3.TheResearchCenterforQualityEngineeringTechnologyofTraditionalChineseMedicineinGuangdong 　　Universities，Guangzhou510006，China） 　　[Abstract]ActionmechanismandmaterialbaseofcompoundDanshendrippingpillsintreatmentofcarotidatherosclerosiswerediscussedbasedongeneexpressionprofileandmolecularfingerprintinthispaper.First，geneexpressionprofilesofatheroscleroticcarotidarterytissuesandhistologicallynormaltissuesinhumanbodywerecollected，andwerescreenedusingsignificanceanalysisofmicroarray（SAM）toscreenoutdifferentialgeneexpressions;thendifferentialgeneswereanalyzedbyGeneOntology（GO）analysisandKEGGpathwayanalysis;toavoidsomegeneswithnon-outstandingdifferentialexpressionbutbiologicallyimportance，GeneSetEnrichmentAnalysis（GSEA）wereperformed，and7chemicalingredientswithhighernegativeenrichmentscorewereobtainedb