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基于文献挖掘中医证候生物学基础初步研究 　　摘要：目的 以中医常见证型气虚证为切入点，从生物分子网络角度探索中医证候生物学基础。方法 建立神经-内分泌-免疫（NEI）相关基因数据字典及气虚证表征术语词库，并通过Genclip软件检索气虚证表征文献并挖掘气虚证特征性NEI基因，探索证候的生物活性物质。结果 对挖掘出的基因数据进行分析显示，“气虚证”相关基因与内分泌、细胞信号传导、造血细胞系、免疫缺陷等相关。中医证型的内在生物学特征可以在NEI水平上进行有效的辨识。结论 文献挖掘作为一种新的发现证候生物学指标的方法具有一定的可行性，建议将其扩大到其他证型的研究中，验证该方法的普适性和可靠性。 　　关键词：中医证候；气虚证；文献挖掘；生物学基础；神经-内分泌-免疫 　　DOI：10.3969/j.issn.1005-5304.2015.07.013 　　中图分类号：R2-05 文献标识码：A 文章编号：1005-5304（2015）07-0043-04 　　中医学的基本特点在于整体观和辨证论治，以病证结合、方证相应，即“病证方”结合的诊疗模式为特色。证（证候）的生物学基础则是中医药现代化的关键，目前研究较多的有血瘀证、肾阳虚证、寒证、热证等，并形成了证本质研究、证实质研究、证候客观化等多个学术生长点，如阴黄证和阳黄证的代谢组学发病机制[1]，为阐释中医证候的生物学本质，证的诊断客观化、规范化和病证分型治疗提供依据。 　　基金项目：国家自然科学基金面上项目；北京市青年英才计划（YETP0821） 　　通讯作者：陈建新，E-mail：Cjx@ 　　气虚证是中医常见证型，可见于研究深入的几大疾病中，如冠心病、心力衰竭、糖尿病等[2-7]，临床常见检验方法已对上述疾病进行诊断。研究表明，这些常见病与神经-内分泌-免疫（NEI）密切相关[8]。本研究以NEI网络相关基因为基础，以气虚证为切入点，通过文献挖掘方法初步得到了气虚证基于NEI网络特有的生物活性物质，对阐明证候的客观性，揭示证候、疾病中分子相互作用机制有着重要意义，为揭示证候的科学内涵奠定了方法学基础。 　　1 资料与方法 　　1.1 收集表征术语关键词 　　以中华人民共和国国家标准《中医临床诊疗术语》为主要依据收集、整理出11个“气虚证”的表征术语关键词，包括气虚、隐痛、钝痛、气短、乏力、神疲、懒言、头晕、自汗、舌淡、脉虚。 　　1.2 文献挖掘方法 　　从dbNEI（http：//2/portal/root/ bi_dbnei/download.jsp）数据库上下载NEI相关基因（共2242个与NEI相关的基因），载入Genclip软件中，然后使用该软件的“Word related Gene Search”功能在文献库中挖掘与给定表征术语相关的NEI基因，并使用“Literature Mining Gene Networks”功能构建气虚证每个表征术语的基因网络。分别比较挖掘出的与气虚证各关键词相关的基因，找出同时出现在2个关键词及以上的那些基因，由于这些基因至少同时在某一证候的2种表征中出现，那么，他们就很可能与该证候有一定联系而非只和单一表征有关，即与气虚证有联系。 　　1.3 基因分析方法 　　应用DAVID Bioinformatics Resources 6.7软件[9]对所得基因进行分层聚类、基因类型测试和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）通路分析。基因聚类测试是一种探索性的工具，用以探索检测基因表达数据内部的关联性，为进一步考虑进行假设性的筛选。KEGG通路分析可以帮助寻找所提供基因所参与的生物过程。 　　2 结果 　　文献挖掘结果显示，气虚的11个关键词中有5个挖掘出与之相关的基因，具体关键词及挖掘出的基因个数见表1；通过比较气虚证与各个关键词相关的基因，找出了15个同时出现在2个关键词及以上的基因，见表2。脉虚、自汗、头晕、气虚关键词基因网络见图1。 　　表1 气虚证关键词对应的基因数目 　　关键词 基因个数 　　气虚 21 　　呼吸困难 95 　　头晕 63 　　脉虚 4 　　自汗 4 　　表2 同时出现在2个表征术语及以上的基因 　　编号 气虚基因 出现次数 　　1 IL6（白细胞介素6） 4 　　2 IL10（白细胞介素10） 4 　　3 IL2（白细胞介素2） 3 　　4 IL1B（白细胞介素β） 3 　　续表2 　　编号 气虚基因 出现次数 　　5 IFNG（干扰素γ） 3 　　6 POMC（阿黑皮素） 3 　　7 ADIPOQ（脂联素） 3 　　8 IL8（白细胞介素8） 3 　　9 IL5（白细胞介