基于距离函数蛋白质超二级结构β―α―β模体预测.docVIP

基于距离函数蛋白质超二级结构β―α―β模体预测 　　摘 要：蛋白质超二级结构β-α-β模体是蛋白质的重要组成部分，所以对蛋白质超二级结构的研究是非常有意义的。根据蛋白质超二级结构的保守性，用距离函数值对蛋白质中β-α-β 模体进行识别，训练集5交叉检验预测总精度和相关系数分别是64.12%和0.31。距离函数应用于独立检验集进行检验预测精度达到71.14%。 　　关键词：蛋白质结构预测；β-α-β 模体；距离函数 　　中图分类号：Q51 文献标识码：A DOI：10.11947/nyyjs.20160509001 　　引言 　　2个平行的β-strand被较长的loop连接，loop中间包含α螺旋（α-helical），并且2个β折叠片之间存在氢键，形成的结构模体β-loop-α-loop-β叫做β-α-β 模体，它是含有平行的β折叠（sheet）的蛋白质中的常见模体[1，5] ，它频繁的出现在每一个具有β折叠片的蛋白质结构中，在蛋白质结构中占有重要地位。因此，对β-α-β模体的统计分析及预测是十分有意义的。 　　在本文中，建立了β-α-β模体预测的数据库，整理并使用了2个蛋白质数据库分别作为预测的训练集和独立检验集，并且发展了距离函数来预测β-α-β 模体，得到了较好的预测结果。 　　1 材料和方法 　　1.1 材料 　　数据库选取了EVA的1423个相似性小