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沙门氏菌CRISPR序列结构功能与应用研究进展 　　摘要 规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）是一类存在于古细菌和细菌基因组内的特殊结构，研究发现沙门菌中存在2个CRISPR位点，该结构不仅参与沙门氏菌对质粒和噬菌体等外源DNA的获得性免疫，同时其序列结构的高度可变性，可作目标基因用以沙门氏菌的基因分型和进化研究。本文综述了沙门氏菌基因组中CRISPR位点的基本结构、作用机制和功能及其在沙门氏菌基因分型和进化研究中的应用进展。 　　关键词 沙门氏菌；规律成簇的间隔的短回文重复序列；功能；分型；进化 　　中图分类号 R155.5 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2017）20-0236-02 　　Reasearch Advance on Structure，Function and Application of CRISPR in Salmonella 　　SHEN Xue-huai ZHANG Dan-jun PAN Xiao-cheng ZHAO Rui-hong DAI Yin HU Xiao-miao 　　（Institute of Animal and Veterinary Science，Anhui Academy of Agricultural Sciences，Hefei Anhui 230031） 　　Abstract Clustered regularly interspaced short palindromic repeats（CRSIPR）are widespread in the genomes of many bacteria and almost archaea.There are two CRSIPR loci located in Salmonella genome，which provide acquired immunity against foreign DNA from plasmid and bacteriophage.Besides，it is suitable as a target gene for genotyping and evolutionary studies of Salmonella due to the multiple structures.In this review，the basic structure，mechanisms and functions of CRSIPR of Salmonella as well as the research progress of CRISPR on bacteria typing and evolution were introduced. 　　Key words Salmonella；CRSIPR；function；typing；evolution 　　沙门氏菌（Salmonella）为革兰氏阴性、兼性厌氧、无芽孢的小杆菌，目前发现的有2 600多种血清型，其中绝大部分血清型对动物和人类具有致病性，可通过污染食物引起人类中毒，是重要的人畜共患病原菌[1]。全球每年大约有13亿人因沙门氏菌感染出现急性胃肠炎症状[2]，给人类卫生保健系统造成了严重的经济负担[3]。 　　CRISPR位点是近年来发现的细菌针对噬菌体等外源基因的获得性免疫系统[4-5]，该结构存在绝大多数古细菌和约40%的细菌的基因组中[6]，研究表明CRISPR位点序列的变化可以使细菌获得对噬菌体等外源DNA的免疫，并且在细菌进化过程中其结构的高度可变性，可以作为细菌分型与进化研究的理想位点[4-6]。沙门氏菌基因组存在2个CRISPR位点，近年来关于沙门氏菌CRISPR位?c在细菌分型、菌株溯源和细菌进化等方面的研究也越来越受到关注。 　　1 沙门氏菌CRISPR 位点结构特点 　　根据CRISPR 数据库（http：//crispr.u-psud.fr/）中的数据发现沙门氏菌基因组存在 2 个CRISPR 位点，由前导序列（leader）、重复序列（repeat）和间隔序列（spacer）3个部分组成[7]。前导序列位于CRISPR 位点的5′端，大小300～500 bp，富含AT碱基的序列，序列结构保守，与第1个重复序列相连。新序列的插入总发生在前导序列和相邻的基序之间，因而前导序列很可能起着CAS相关蛋白（CRISPR-associated）识别位点的作用，并可能作为CRISPR位点的启动子[4]。重复区序列在CRIPSR位点中相对保守，大小为24～47 bp，在3′末端存在GAAA（C/G）的保守序列，聚类分析显示，一些进化关系很远的原核生物具有相同或相似的重复序列，说明在原核生物间存在CR