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并行矩阵乘光化学反应模拟研究 　　摘要: 在Linux环境下，为缩短激光诱导光化学反应模拟运行时间，针对光化学反应模拟中力矩阵的稀疏特征，将力矩阵进行分块划分，采用优化的行列分解算法对分块矩阵进行并行化，运用OpenMP实现光化学反应力计算并行化。实验结果表明，在500个C原子参与运算的情况下，单步计算时间缩短到优化前计算时间的10-2数量级，在十六核处理器上获得了十四倍的加速比和80%以上的效率，为高效模拟大分子体系光化学反应提供平台。 　　关键词: OpenMP；多核处理器；力计算；加速比；激光诱导光化学反应模拟 　　中图分类号：TP391.1文献标识码：Adoi:10.3969/j.issn.1003-6970.2010.10.004 　　 　　Research on parallel matrix multiplication Simulation 　　of Photochemical Reactions 　　 　　ZHAO Zhong-xian, LI Hong-jian, DOU Yu-sheng 　　(College of Computer Science and Technology Chongqing University of Posts and Telecommnications, Chongqing 400065) 　　 　　Abstract：Under Linux environment, In order to reduce the running time of simulation of photochemical reactions. Force matrix was divided by ranks for sparse feature of force matrix in simulation of photochemical reactions. It was paralleled with optimized decomposition algorithm by blocks. Parallel programming of photochemical reactions force computing was realized based on OpenMP. The experimental result indicates that single step calculation time was reduced 10-2 order of magnitude for photochemical reactions simulation with 500 carbon atoms. This method enhances parallel speedup more than fourteen-times and gets more than 80% of the efficiency on sixteen core processors. It also provided platform for efficient simulation of macromolecular photochemical reaction. 　　Key words：OpenMP; multi-processors; force computing; speedup; simulation of photochemical reactions induced by an laser 　　 　　1. 引 言 　　 　　半经典分子动力学是计算半经典多体体系的平衡和传递性质的方法，用于研究电子的特性[1]。可以在分子水平和电子水平上对体系进行精细的理论研究，因此，该方法是其它理论研究方法所难以替代的。大分子体系的半经典分子动力学模拟计算方法的研究便成为当今计算化学领域中极具挑战性的研究热点之一[2]。 　　计算模型是激光诱导光化学反应的半经典动力学计算模型[3]。动力学由Ehrenfest动力学方法处理，电子结构由DFTB (Density Functional based Tight Bonding) 方法计算。在该模拟计算中，原子间作用力矩阵的计算是最费时，快速计算力矩阵元是该模型能够应用于大分子体系和较长时间反应过程模拟的关键。运用多核系统[4]与OpenMP并行算法[5]来优化力矩阵的计算，缩短运算时间，使得在较长时间的反应过程中模拟大分子体系的反应成为可能。 　　将并行算法运用到激光诱导光化学模拟中。针对力矩阵的稀疏特征，将力矩阵计算划分成为两个子矩阵的计算，在500个C原子参与运算的情况下，单步计算时间缩短到比矩阵划分前计算时间的10-2数量级，极大的缩短