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植物ICE蛋白基因家族系统进化分析 　　摘要：ICE是植物体内的一类bHLH转录因子，在植物低温胁迫中发挥重要作用。本研究利用来自不同物种包括苔藓、蕨类、裸子、被子植物的ICE蛋白序列，用Clustal X程序对其氨基酸序列进行比对，并用邻近法构建系统进化树，进一步了解ICE家族在植物界的分子进化情况。结果表明，ICE蛋白家族基本上按苔藓、蕨类、裸子、单子叶和双子叶植物而分别聚类，尽管不同来源的ICE序列有一定差异，但HLH结构域在各植物物种中具有很好的保守性，这说明ICE蛋白在进化上具有保守性；被子植物的ICE形成不同的分支，单子叶植物和双子叶植物原始的ICE蛋白有可能不同。 　　关键词：植物；ICE；序列比对；系统进化分析 　　中图分类号： Q943.2文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2016）02-0042-06 　　收稿日期：2015-02-27 　　基金项目：国家高技术研究发展计划（编号：2013AA102705）；国家自然科学基金（编号；江苏省自然科学基金（编号：（BK2011409）。 　　作者简介：陈露（1989―），女，江苏靖江人，硕士研究生，从事植物生物技术研究。E-mail：chenlu1201@163.com。 　　通信作者：罗玉明（1963―），男，江苏涟水人，教授，研究生导师，主要从事植物生物技术研究。Tel：（0517E-mail：yumingluo@163.com。 　　ICE（inducer of CBF expression）是CBF[C-repeat-binding factors，又称DREBs（dehybration responsive element factors）]冷响应通道的上游调控因子，目前主要在拟南芥中发现[WTBX][STBX]ICE1和ICE2[WTBZ][STBZ]这2种ICE基因。ICE一般为组成型表达，常温下没有活性，低温诱导可使[WTBX][STBX]ICE1[WTBZ][STBZ]成活性状态，编码一个类似MYC的螺旋-环-螺旋型（bHLH）转录激活因子，诱导CBF基因的表达，从而提高植物的抗寒性，在转基因植株生长发育过程中没有异常表现[1]。研究表明，ICE2可以直接影响[WTBX][STBX]CBF1[WTBZ][STBZ]基因的表达，将[WTBX][STBX]ICE2[WTBZ][STBZ]基因转入拟南芥发现，拟南芥体内[WTBX][STBX]CBF1[WTBZ][STBZ]基因表达量明显上升，转基因拟南芥可在-20 ℃环境下正常生长[2-3]。由此可见，ICE在植物低温抗性中有着重要的作用。有研究证明，ICE1-CBF转录级联反应在植物响应低温胁迫过程中发挥着至关重要的作用[4]。 　　目前，依赖CBF的信号转导通路被视为植物低温胁迫应答的主要途径[4-7]。在ICE1-CBF的调控路径中，ICE1在低温诱导下与CBF3启动子顺式作用元件相互结合，并激活CBF3转录，调控CBF及下游抗冷相关基因的转录，也可以与R2R3型MYB转录因子AtMYB15相互作用，负调控CBF基因的表达[2，8]。ICE1蛋白的磷酸化可能涉及到低温胁迫过程中ICE1的活性调控。另外，HOS1编码一种E3连接酶，参与ICE1蛋白的泛素化降解，在低温胁迫过程中，HOS1与ICE1相互作用并降解ICE1，通过ICE1调节CBF的转录。有研究表明，ICE1蛋白在冷胁迫时明显降解，而在HOS1突变体中，ICE1蛋白受冷胁迫降解的程度明显降低[9-10]。 　　鉴于ICE在植物低温抗性中的重要作用，本研究通过对来源于植物的ICE蛋白进行同源比对，分析系统发生关系，拟找出ICE基因在植物界的系统进化关系，为研究该基因的功能进化提供参考。 　　1材料与方法 　　1.1序列信息的获取与筛选 　　为获得ICE家族的各成员，分别以拟南芥ICE基因的蛋白质序列AtICE1、AtICE2，使用Blastp程序搜索绿色植物数据（http：///Blast.cgi），database选择为non-redundant protein sequences （nr），organism选择为plants（taxid：3193），max target sequences设置为250，其余均为默认参数。对获得的搜索结果用Pfam（http：///）进行分析，把具有与拟南芥ICE基本结构特征的序列保留下来做后续分析。 　　1.2多序列比对及系统进化树的构建 　　以氨基酸全序列比对结果为基础，用Mega 5.10软件构建系统进化树[11]。采用Neighbor-joining法运行相应参数[12]：Poisson model模式