半夏凝集素结构分析与分子模拟研究-生物学专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 ZHEJIANG SCI-TECH UNIVERSITY MASTER DISSERTATION The structure analysis of Pinellia ternata agglutinin and molecular simulation study Yong Gao Directed by Professor Tao Xu College of Life Sciences, Zhejiang Sci-Tech University HANGZHOU, CHINA 分类号： 密级： UDC ： 半夏凝集素结构分析与分子模拟研究 论 文 答 辩 日 期 2015.3.11 答辩委员会主席 商晗武 论 文 评 阅 人 答辩委员会成员 刘小川 许传莲 丁先锋 姜永厚 万方数据 万方数据 课题来源 自选课题 浙江理工 浙江理工大学硕士学位论文 半夏凝集素结构分析与分子模拟研究 摘要 当前有关半夏凝集素的研究主要集中在凝集素基因的表达、凝集素蛋白的纯化及其生 物活性鉴定，而涉及半夏凝集素结构分析和分子模拟的研究还相对较少。本文将通过分析 半夏凝集素的序列信息，构建同源结构模型并进行分子对接来研究半夏凝集素的结构特 点。 首先从 NCBI 数据库中调取半夏凝集素序列信息，用 Expasy、 SMART、 CBS 等生 物信息软件对凝集素蛋白的一级结构、二级结构和高级结构性质进行全面剖析。结构信息 预测表明，半夏凝集素二级结构含 16 个 α 螺旋，91 个 β 折叠和 150 个随机卷曲。功能域 预测表明半夏凝集素含有两个 B 型凝集素功能域，每个功能域中都含有甘露糖结合位点， 它们裸露于蛋白空间结构的外部，为半夏凝集素与甘露糖或甘露糖型复合物的结合提供了 条件。 利用 Swiss-model 同源建模程序，以岩芋凝集素为模板构建半夏凝集素的同源模型， 并用 QMEAN 和 PROCHECK 工具对模型结构进行优化。结构表面性质分析得知半夏凝集 素三维结构表面静电势较低，溶剂可及性极强。 半夏凝集素的分子对接实验阐释了半夏凝集素与配体分子结合的作用机制。实验结果 显示非甘露糖型的 D-葡萄糖、N-乙酰葡萄胺与半夏凝集素的结合能力低于 D-甘露糖的结 合力，而以 α1,3 糖苷键或 α1,6 糖苷键连接的甘露多糖与半夏凝集素的结合能力随着糖苷 数量的增加而增强。这说明糖苷键的形式以及糖苷键的数量影响了甘露多糖与半夏凝集素 的结合。半夏凝集素能与 28s rRNA、甲状腺球蛋白、甲基转移酶复合体蛋白 50、HIV 病 毒衣壳蛋白作用，形成稳定的对接复合体。半夏凝集素 N 端结构域结合在 28s rRNA 单链 的大沟位置，阻滞了 RNA 的复制。半夏凝集素 N 端结构域能特异性地结合 MEP50 蛋白上 的 TYR213~ASP298 功能域，抑制 MEP50 甲基转移酶的活性。HIV 病毒衣壳蛋白与半夏凝 集素 N 端结构域对接后形成稳定的复合体，该复合体阻断了 HIV 病毒衣壳的组装，进而 抑制了病毒的进一步复制。 本文通过同源建模和分子对接对半夏凝集素的结构特征进行了模拟分析，为阐明半夏 凝集素与功能性分子相互作用的机制和验证半夏凝集素的生物功能提供了有益的参考。 关键词：半夏凝集素；结构分析；同源建模；Swiss-model；分子对接 I Abstract The current research on Pinellia ternata agglutinin (PTA) was concentrated in gene expression, protein purification and identification of biological activity. However, the studies about structural analysis of PTA and molecular simulation were relatively less. In this paper, we analyzed the sequence information, constructed homology model and prepared molecular docking to study the structural characteristics of PTA. Firstly, retrieved PTA protein sequence information from the NCBI protein