必需与非必需基因数据的特性研究-电路与系统专业论文.docxVIP

重庆大学 重庆大学硕士学位论文 英文摘要 PAGE PAGE IV factor to evaluate the essential genes. ③ Error correction coding theory of modern communication systems is used in this paper to build a (6,3) block code model for the sequence analysis of essential and nonessential genes. The results show that the fluctuation of the average code distance of initiation codon -13 site is coincided with SD region in prokaryotes away from the initiator codon of the range of 5 to 13 bases. This is similar to the preamble in a digital communication system. The average code distance of the fluctuation range of essential genes is larger than that of the nonessential genes. In this paper, we studied the characteristic difference between the essential and nonessential genes, and provided new ideas for the identification of essential genes and constructing the minimum genome. Keywords: essential genes, subcellular localization, codon adaptation index, block code 重庆大学硕 重庆大学硕士学位论文 目 录 目 录 中文摘要I 英文摘要 II 1 绪 论 1 1.1 引言 1 1.2 后基因组时代的生物信息分析 1 1.2.1 生物信息学的产生与发展 1 1.2.2 生物信息学在基因组研究中的应用 2 1.3 课题的研究背景 4 1.3.1 合成生物学 4 1.3.2 必需基因与非必需基因简介 5 1.3.3 必需基因的实验鉴定技术现状 5 1.3.4 必需基因的理论预测研究现状 6 1.4 课题的研究意义 6 1.5 本课题主要思路及研究目的与内容 7 1.6 本章小结 8 2 蛋白质亚细胞定位特性分析 9 2.1 蛋白质亚细胞定位特性 9 2.1.1 亚细胞定位数据库的介绍 9 2.1.2 亚细胞在线预测服务器的介绍 10 2.2 材料和方法 11 2.2.1 数据获取 11 2.2.2 选择预测蛋白质定位的工具 13 2.3 结果与分析 14 2.4 结论与讨论 17 2.5 本章小结 18 HYPERLINK \l _TOC_250001 3 密码子适应指数(CAI)特性分析 19 3.1 密码子适应指数 19 3.1.1 密码子使用偏性 19 HYPERLINK \l _TOC_250000 3.1.2 密码子适应指数(CAI)的相关应用 21 3.1.3 必需基因与基因表达水平的关系 21 3.2 材料与方法 22 3.2.1 数据获取 22 3.2.2 密码子适应指数(CAI)的计算步骤 22 3.2.3 差异显著性检验 25 3.2.4 密码子适应指数(CAI)分布拟合 26 3.3 结果与分析 27 3.3.1 密码子适应指数的均值 27 3.3.2 密码子适应指数的分布 27 3.3.3 不同表达水平的比较 28 3.4 结论与讨论 30 3.5 本章小结 31 4 在分组码模型下的序列分析 33 4.1 基于纠错编码理论的序列分析 33 4.1.1 编码通信系统与生物信息系统的共通性及模型 33 4.1.2 线性分组码的编码 35 4.2 材料和方法 36 4.2.1 数据获取 36 4.2.2 DNA 序列的数值映射 36 4.2.3 信息单元 36 4.2.4 平均码距的计算步骤 36 4.3 结果与分析 38 4.4 结论与讨论 45 4.5 本章小结 46 5 总结与展望 47 5.1 工作总结 47 5.2 工作展望