野生花生全基因组抗病相关LOX基因生物信息学分析.docVIP

野生花生全基因组抗病相关LOX基因生物信息学分析 　　摘要：脂肪氧合酶（lipoxygenases，LOX）是生物体内一种重要的双加氧酶，其在植物发育以及响应生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究从Arachis duranensis和Arachis ipaensis两个野生花生基因组中各鉴定出18个LOX基因，分别命名为AdLOX1～18和AiLOX1～18。在AdLOX5、AdLOX7、AiLOX8和AiLOX18基因的CDS序列中发现提前终止翻译的终止密码子，而AiLOX9基因的CDS序列过短，推测这些基因可能是假基因。染色体定位结果显示，AdLOX和AiLOX基因主要分布在2、3、6、8、9和10号染色体上，且其直系同源基因分布在两套染色体相同或相近的位置。通过分析AdLOX和AiLOX基因与已知功能LOX基因的亲缘关系发现，AdLOX6、、AdLOX9、AdLOX11、AdLOX12、AdLOX17、AiLOX1、AiLOX4、AiLOX6、AiLOX16和AiLOX17基因可能参与花生的抗病过程，启动子分析结果也支持这一结论。基因选择压力研究表明，AdLOX和AiLOX基因在进化历程中受到纯化选择。 　　关键词：野生花生；LOX基因家族；抗病；系统发育；选择压力 　　中图分类号：S656.201 　　文献标识号：A 　　文章编号：1001-4942（2015）10-0001-07 　　花生（Arachis hypogaea L.）作为重要的油料经济作物被广泛地种植在热带和亚热带地区。目前，花生属中已经鉴定了80个种。大多数的野生花生为二倍体，而栽培花生为异源四倍体（AABB）植物。大量研究表明，栽培花生的二倍体祖先分别是提供A基因组的Arachis duranensis和提供B基因组的Arachis ipaensis。栽培花生对多种病虫害的抗性低，近年来，病虫害危害严重，造成花生大面积减产。而野生花生由于长期适应不同的恶劣环境，对病虫害有很高的抗性，甚至对有些严重影响栽培花生的病害免疫。因此，研究野生花生对病原菌的抗性机理，鉴定、挖掘野生花生中的抗病基因资源，对培育抗病能力强的优异花生新品种具有重要意义。2014年，A.duranensis和A.ipaensis全基因组测序工作已经完成，为从全基因组水平上分析和鉴定野生花生的抗病基因、研究其抗病机理奠定了坚实基础。 　　LOX蛋白是一种非血红素铁酶（non-hemeiron containing enzymes），该酶广泛地分布在动物、植物和微生物中。其主要功能是通过LOX途径降低多不饱和脂肪酸（polyunsaturated fattyacids）的含量。在LOX途径中，过氧化氢物（hydroperoxides）被转化为氧化脂类（oxylipins），而氧化脂类能激活LOX途径下游的多种酶，包括过氧化氢裂解酶（hydroperoxide lyase）、过氧化氢环化酶（peroxygenase）、丙二烯氧合酶（allene oxide synthase）和二乙烯基醚合酶（divinyl ether synthase）。在植物中，氧化脂类和其衍生物，例如茉莉酸和乙醛等，已经被证实参与植物的抗病和抗虫等过程。因此，研究LOX基因对阐明植物的抗病和抗虫机理具有重要的作用。在拟南芥（Arabidopsis thaliana）中，AtLOX2基因被确定参与茉莉酸途径；当拟南芥受到生物胁迫时，AtLOX1基因的表达也会上调。栽培花生LOX基因在抗病方面的研究已有报道。Burow等克隆了栽培花生AhLOX1基因，当花生受到茉莉酸、伤害和曲霉侵染时，该基因的表达会显著提高。在栽培花生成熟种子中过量表达AhLOX2和AhLOX3基因，会提高其抵御黄曲霉侵染的能力。但花生LOX基因家族的系统研究尚未见报道。 　　目前，关于LOX基因家族的分类主要有两种方法。第一种方法是根据亚油酸（linoleic acid）被氧化的顺序分为9-LOX（C-atom 9）和13-LOX（C-atom 13）。第二种方法是根据氨基酸序列的相似性将LOX基因分为Type I-LOX和TypeⅡ-LOX，Type I-LOX的序列相似性约为75%，其N段缺少一段叶绿体运输多肽；而TypeⅡ-LOX的序列相似性约为35%，其N段存在叶绿体运输多肽，且具有13-LOX活性。 　　本研究利用生物信息学方法从A.duranensis和A.ipaensis基因组中分别鉴定出18个LOX基因，从分子系统进化、染色体定位和选择压力方面对AdLOX和AiLOX基因进行了系统的分析，并参考已报道的参与植物免疫过程的LOX基因，预测了在A.duranensis和A.ipaensis中参与植物免疫反应的LOX基