马铃薯糖转运蛋白家族全基因组鉴定和表达分析.docVIP

马铃薯糖转运蛋白家族全基因组鉴定和表达分析 　　摘要：利用BLASTp程序在马铃薯全基因组中共鉴定出54个潜在的马铃薯糖转运子，分别属于7个糖类转运蛋白家族，分析这54个马铃薯糖转运子基因在不同组织器官、发育阶段、生物及非生物胁迫以及激素刺激下的表达水平与特性。该结果有助于加深对马铃薯糖转运子的了解，可为发现能提高马铃薯经济性的新基因奠定基础。 　　关键词：马铃薯；糖转运子；基因组；系统进化关系；表达分析 　　中图分类号： S532.03文献标志码： A文章编号：1002-1302（2017）12-0024-03 　　在植物中，碳水化合物被当作普遍的能量流通媒介，在整体水平上糖类的运输被输导组织所控制，因此有了同化及储藏组织的概念[1]。典型的同化组织是光合作用活跃的组织，而储藏组织如果实、块茎等需要从同化组织转运光合作用产物才能发育。在大多数植物种类中首选蔗糖作为在韧皮部筛管中长距离运输的碳水化合物[2]。在细胞内，糖类同样在各细胞器之间运输，而液泡则充当了许多种碳水化合物的储藏器官[3]。从细胞膜或液泡膜转运糖，无论是主动运输还是被动扩散，都需要受到糖转运子的介导才得以维持在一个较高的速率上。 　　尽管蔗糖转运蛋白家族（sucrose transporter，SUC或SUT）在?R铃薯中仅含有3个成员（在拟南芥中有9个成员），但是单糖的转运蛋白在拟南芥中共有53个成员[4]，它们被划分成7个基因家族[5]，目前通常认为这7个基因家族分别为糖转运蛋白（sugar transporter protein，STP）家族、糖促进蛋白（sugar facilitator protein，SFP）家族、多元醇/单糖转运蛋白（polyol/monosaccharide transporter，PMT）家族、肌醇转运蛋白（inositol transporter，INT）家族、质体葡萄糖转运蛋白（plastidic glucose translocator，pGlcT）家族、液泡单糖转运蛋白（tonoplast monosaccharide transporter，TMT）家族、液泡葡萄糖转运蛋白（vacuolar glucose transporter，VGT）家族。尽管一些基因家族（如SUC、STP）有非常全面的基因功能分析数据（如转运活力、表达水平、亚细胞定位以及转基因分析），但是对许多小基因家族的成员表征分析的报道非常少，尤其是在一些非模式物种中。 　　马铃薯是全球第四大作物，同时也是粮菜兼用型作物，对马铃薯糖转运子基因在全基因组水平上的调查有利于提高对它的理解，从而有助于鉴定提高马铃薯经济性的新基因。根据马铃薯参考基因组[6]确定54个编码糖转运子的基因座，使用系统进化分析的方法，将所有糖转运子划分到已知的家族内，在每个家族内，将马铃薯与其他植物的糖转运子对比进化关系。利用RNA转录组的测序数据，分析糖转运子基因在不同组织器官、发育阶段、生物及非生物胁迫以及激素刺激下的表达水平。通过全面分析马铃薯糖转运基因家族，为马铃薯糖转运子的深入研究提供理论依据。 　　1材料与方法 　　1.1马铃薯糖转运子基因的鉴定 　　马铃薯潜在的糖转运子，使用http：//上的BLASTp工具，以每个家族中在拟南芥及番茄中已鉴定的成员的蛋白序列作为查询序列，从马铃薯参考基因组[6]中鉴定出来。 　　1.2预测亚细胞定位及跨膜螺旋结构域 　　应用WoLF PSORT程序预测糖转运子的亚细胞定位（http：//wolfpsort.seq.cbrc.jp）[7]。应用TMHMM Server v. 2.0（http：//www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）预测跨膜螺旋结构域[8]。 　　1.3糖转运子RNA测序数据分析 　　利用马铃薯基因组测序协会（potato genome sequencing consortium，PGSC）的Illumina RNA测序数据分析糖转运子的表达模式[7]。数据库中的表达丰度用每百万个映射上的片段数中映射到外显子中的每1 000个碱基上的片段个数（fragments per kilobase of exon model per million mapped reads，FPKM）值表示。对组织器官及发育时期的热图（heat map）进行构建，FPKM值首先经过以2为底数的对数进行转化。对于非生物胁迫及生物胁迫以及激素处理的热图进行构建时，首先计算与相应的对照的对比值。热图使用MeV 4.9.0软件进行构建[9]。 　　2结果与分析 　　2.1马铃薯糖转运子成员及其同源蛋白的进化分析 　　应用已鉴定的糖转运子的氨基酸序列，通过BLASTp程序检索马铃薯参考基因组，鉴