一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体IME-CF2的分离测序-安徽医科大学学报.PDF

安徽医科大学学报　ＡｃｔａＵｎｉｖｅｒｓｉｔａｔｉｓＭｅｄｉｃｉｎａｌｉｓＡｎｈｕｉ　２０１６Ｍａｒ；５１（３） ·３１５· 网络出版时间：２０１６／１／２８１４：２３：０９　网络出版地址：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｎｋｉ．ｎｅｔ／ｋｃｍｓ／ｄｅｔａｉｌ／３４．１０６５．Ｒ１４２３．００２．ｈｔｍｌ ◇基础医学研究◇ 一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体 ＩＭＥＣＦ２的 分离、测序及全基因组分析 １，２ ２ ２ ２ ２ ２ ２ １，２ 刘小东 ，王　伟 ，黄　勇 ，张湘莉兰 ，孙　强 ，安小平 ，米志强 ，童贻刚 摘要　目的　从医院污水中分离一株能裂解弗氏柠檬酸杆 是一种潜在的抗生素替代品，能有效治疗细菌性感 菌的噬菌体，观察其形态，并进行全基因组测序和全基因组 染，同时减轻细菌耐药的发生。目前，噬菌体与抗生 分析，为治疗和控制弗氏柠檬酸杆菌感染提供基础。方法　 素联合用药及多种噬菌体鸡尾酒疗法对细菌性感染 以弗氏柠檬酸杆菌为宿主，从医院污水分离噬菌体，用透射 的治疗效果较好［３－４］。该研究从医院污水中分离一 电镜观察其形态；使用ＩｏｎＴｏｒｒｅｎｔ测序平台进行噬菌体全基 株毒性弗氏柠檬酸杆菌噬菌体 ＩＭＥＣＦ２，并对其进 因组测序，测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化 行了全基因组测序、基因组分析及进化分析。现将 分析和比较分析。结果　成功分离一株弗氏柠檬酸杆菌噬 结果报告如下。 菌体，命名为ＩＭＥＣＦ２；电镜观察显示，该噬菌体具有二十面 体的头部，形态类似肌尾噬菌体科；ＩＭＥＣＦ２核酸类型为 １　材料与方法 ＤＮＡ，基因组全长为 １７７６８５ｂｐ，ＧＣ含量为４３２％；编码 ２６７个编码区（ＣＤＳ），２个ｔＲＮＡ；进化分析表明，ＩＭＥＣＦ２属 １．１　材料　弗氏柠檬酸杆菌分离于中国人民解放 于Ｔ４类噬菌体，全基因组比较分析表明，ＩＭＥＣＦ２与柠檬酸 军３０７医院检验科，经过生化性质鉴定和１６ＳｒＤＮＡ 杆菌噬菌体Ｍｉｌｌｅｒ同源性最高。结论　分离鉴定了一株弗 测序鉴定，保藏于本实验室。 氏柠檬酸杆菌噬菌体，进行了全基因组测序和分析，为噬菌 １．２　方法 体治疗多重耐药细菌奠定了基础。 １．２．１　ＩＭＥＣＦ２的分离与鉴定　取未经处理的解 关键词　弗氏柠檬酸杆菌；噬菌体；全基因组测序；基因组分 放军３０７医院污水，１２０００ｒ／ｍｉｎ离心 １０ｍｉｎ，收集 析 上清液，并通过０．４５ ｍ的滤膜。取上述过滤液 μ 中图分类号　Ｑ９３９．４８ ０１００ｍｌ，加入到５ｍｌ对数期指示菌弗氏柠檬酸杆 文献标志码 Ａ 文章编号 １０００－１４９２（２０１６）０３－０３１５－０５ 菌中，于３７℃震荡过夜培养。第 ２天，取培养液 １２０００ｒ／ｍｉｎ离心 １０ｍｉｎ，收集上清液，并通过 　　弗氏柠檬酸杆菌属肠杆菌科枸橼酸杆菌属，是 ０４５ ｍ的滤器，所得过滤液即为噬菌体原液。使 发酵型革兰阴性菌，广泛存在于自然环境中，是人体 μ 用噬菌体原液点滴法检测是否分离到敏感性噬菌 肠道正常菌群，也是