空肠弯曲菌中规律成簇间隔短回文重复序列CRISPR的检测与结构分析.PDFVIP

2018-02-09   空肠弯曲菌中规律成簇间隔短回文重复 序列（CRISPR ）的检测与结构分析 1 1 1 1 1 2 1,* 吴瑜凡 ，申进玲 ，崔思宇 ，郭 旸 ，吴福平 ，王 翔 ，邵景东 （1. 张家港出入境检验检疫局检验检疫综合技术中心， 江苏 张家港 215600 ；2. 上海理工大学医疗器械 与食品学院，上海 200093 ） 摘 要：规律成簇间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPRs ）是 近年在原核生物中发现的针对噬菌体等外源遗传物质的干扰而进化出的获得性和可遗传性生物免疫系统。 因其序列的高度多态性及携带遗传信息的可追溯性，成为分子分型方法的理想位点。本研究对江苏地区分 离的 86 株空肠弯曲菌基因组进行 CRISPR 结构的检测和分析。结果表明：36%的菌株基因组含有 CRISPR 结构，32 株含有确定 CRISPR 结构的菌株均只含有一个 CRISPR 结构，CRISPR 序列长度范围为 92-366 bp ； 重复序列与数据库中出现频率最高的重复序列一致；识别到的间隔序列共 111 条，共分为 17 种类型，有 10 种类型的间隔序列与 CRISPR DB 数据库中公布的一致，有 7 种间隔序列为新报道的间隔序列，共 55 条， 占总间隔序列的49.5% 。通过同源性比对发现，间隔序列除与来自同属同种的质粒或噬菌体具有同源性外， 有些还与其他致病菌的质粒或噬菌体具有同源性，这种现象说明空肠弯曲菌与其他致病菌可能存在基因的 水平转移等信息交流方式。另外，通过 CRISPR 结构间隔序列的多样性，可以将 38 株空肠弯曲菌野生菌株 分为 5 种不同的谱型。研究结果为空肠弯曲菌利用 CRISPR 结构进行分型和溯源提供数据基础。 关键词：空肠弯曲菌；成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR ）；重复序列；间隔序列；同源性 Detection and analysis of CRISPR regions in Camylobacter jejuni 1 1 1 1 1 2 WU Yufan , SHEN Jinling , CUI Siyu , GUO Yang , WU Fuping , WANG Xiang , SHAO Jingdong1,* （1. Technology Center of Zhangjiagang Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau ，Zhangjiagang 215600, China ；2. School of Medical Instrument and Food Engineering, University of Shanghai for Science and Technology, Shanghai 200093, China ） Abstract: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats （CRISPRs ） are sets of nucleic acid-based adaptive immune system against phage in both bacteria and archaea. CRISPR sequences showed a high degree of diversity and contain