苹果LysM类受体激酶基因家族鉴定与表达分析-园艺学报.PDF

园艺学报，2017 ，44 (4) ：733 –742. Acta Horticulturae Sinica doi ：10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0695；http ：//www. ahs. ac. cn 733 苹果LysM 类受体激酶基因家族鉴定与表达分析 左存武，张卫娜，毛 娟，姜雪峰，马宗桓，苏 静，陈佰鸿* （甘肃农业大学园艺学院，兰州 730070 ） 摘 要：以 LysM （PF01476 ）和 Pkinase （PF00069 ）保守域全蛋白序列为种子序列，在全基因组范 围比对分析了苹果（Malus × domestica Borkh. ）LysM-RLK 家族的成员，对其家族成员的理化性质、进化 关系、染色体分布、基因结构等进行了分析；基于已公布的转录组学数据，分析了 LysM-RLK 基因在苹 果组织、发育过程和生物胁迫中的表达情况。通过分析，共获得 12 个苹果 LysM-RLK 基因，其氨基酸序 列大小介于 553 ~ 1 053，分子量介于 62.65 ~ 119.04 kD，等电点介于 5.11 ~ 7.45，主要位于质膜；根据进 化分析将其分为 3 个亚组，亚组内各成员的外显子—内含子结构呈现较为相似的特征。基因表达数据显 示，苹果的 4 个 LysM-RLK 基因表达存在较大的组织特异性，7 个基因在苹果腐烂病和再植病发病过程中 为差异表达。 关键词：苹果；LysM –类受体激酶；生物信息学分析；表达 中图分类号：S 661.1 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2017 ）04-0733-10 Genome Wide Identification and Expression Analysis of LysM Receptor- like Kinase in Apple * ZUO Cunwu ，ZHANG Weina ，MAO Juan ，JIANG Xuefeng ，MA Zonghuan ，SU Jing，and CHEN Baihong （Department of Horticulture ，Gansu Agricultural University，Lanzhou 730070，China ） Abstract ：Conserved protein sequence of LysM （PF01476 ）and Pkinase （PF00069 ）domain were used to search the LysM-RLKs from apple （Malus × domestica Borkh. ）protein database. The physical and chemical characteristics，evolutionary relationships，chromosomal distribution and gene structure members were analyzed for all of the LysM-RLKs. Additionally ，expressions of LysM-RLKs were assayed in specific tissue and development process of apple as well as under biotic stresses based on the published RNA-seq data. In total ，12 LysM-RLK genes were identified in the apple genome. The size （amino acid， aa ），molecular weight and isoelectric point of LysM-RLKs in apple varied from 553 to 1 053 ，from