基于三元残基组合对的蛋白质相互作用研究Studyofprotein-药学学报.PDF

1578 药学学报 Acta Pharmaceutica Sinica 20 17, 52 ( 10): 1578 1586 于三元残基组合对的蛋白质相互作用研究 1, 2† 2† 2 1, 2* 薇 , 何增辉 , 李诗良 , 李洪林 (华东理工大学 1. 信息科学与工程学院, 2. 药学院, 上海市新药设计重点实验室, 上海 200237) 摘要: 蛋白质 蛋白质相互作用的作用机制对生命科学研究有着重要意义。目前已有的方法多偏向于氨基酸 残基的偏好性研究, 并没有给出对应的残基组合的空间信息, 而这些空间信息对设计蛋白质 蛋白质相互作用至 关重要。通过深入挖掘已有的蛋白质相互作用模式, 并提炼残基相互作用对的偏好和相对位置信息, 本文提出了 一种全新的既能表征三元残基组合的偏好, 又 给出三元残基组合对的空间信息的 “三棱柱”模型。该模型主要从 偏好因子、氨基酸组成和蛋白质二级结构分布等多个方面对三元残基组合对进行分析。此外, 还将该模型应用 于PD-1/PD-L2 蛋白质的界面研究。通过分析PD-1/PD-L2 蛋白质的界面残基组合对与预测残基组合对在组成和 空间信息上的差异, 给出了具体的残基突变建议, 从而为蛋白质 蛋白质相互作用的设计提供了一种新的方法。 关键词: 蛋白质 蛋白质相互作用; “三棱柱”模型; 三元残基组合对 中图分类号: R9 16 文献标识码: A 文章编号: 0513-4870 (20 17) 10- 1578-09 Study of protein interaction based on the triplets combination pairs of the residue groups 1, 2† 2† 2 1, 2* XIAO Wei , HE Zeng-hui , LI Shi-liang , LI Hong-lin (1. School of Inf ormation Science and Engineering, 2. Shanghai Key Laboratory of Ne w Drug Design, School of Pharmacy, East China University of Science and Technology, Shanghai 20023 7, China ) Abstract : The protein-protein interactions play an important role in life science. At present, many methods are developed with preferences of the amino acid residues, which do not offer the relative spatial information for the residue