基于比较转录组分析海洋弧菌X511的褐藻胶代谢途径-微生物学报.PDF

微生物学报 A cta Microbiologica Sinica 2018, 58(9): 1551-1562 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Research Article 研究报告 基于比较转录组分析海洋弧菌 X511 的褐藻胶代谢途径 1,2 2 1 1 1 3 4 2* 许超 ，熊亚茹 ，黄桂媛 ，王巧贞 ，卢明倩 ，张荣灿 ，廖威 ，张云开 ， 黄庶识1* 1 广西科学院，广西海洋天然产物与组合生物合成重点实验室，广西 南宁 530007 2 广西大学生命科学与技术学院，广西 南宁 530003 3 广西北部湾海洋研究中心，广西 南宁 530007 4 广西职业技术学院，广西 南宁 530226 摘要：【目的】从北海涠洲岛海域腐烂的马尾藻中分离得到的海洋弧菌( Vibrio X511)具有较强的利用褐 藻胶能力，本文利用转录组测序的方法以研究弧菌 X511 的褐藻胶代谢途径。【方法】采用Illumina HiSeq2500 测序平台对菌株在褐藻胶及葡萄糖培养下的转录组进行测序；比较和分析差异转录本，利用 荧光定量 PCR 验证测序结果；采用 GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)对差异转录本进行功能和Pathway 注释。【结果】经比较发现，菌株在褐藻胶培养下相对于葡 萄糖的培养共有2024 个差异表达基因，其中 1066 个基因上调，958 个基因下调；某些普遍存在于代谢 途径中的基因在不同培养条件下也存在差异表达；海洋弧菌X511 中涉及褐藻胶利用的所有基因以及合 成乙醇的关键基因其转录量均有一定程度的上调；此外，通过分析发现该菌株具有独特的褐藻胶利用方 式，其中的一个代谢过程尚未在弧菌中被报道。【结论】成功解析了海洋弧菌X511 的褐藻胶代谢途径， 丰富了生物方法降解褐藻胶的研究, 为大型海藻生物质能源的研究提供有价值的数据支持。 关键词：转录组，荧光定量，基因功能，褐藻胶，代谢途径 褐藻胶是一种线性高分子多糖，经甘露醛糖 率先自海带中提取获得[3] 。褐藻胶在大型褐藻中的 酸(β-D-mannuronic acid ，M) 和古罗醛糖酸 含量尤为丰富，约占总糖的 30%–60% ( W/W)[4] ， (α-L-guluronic acid ，G)两种单糖以 1,4-糖苷键随机 是最丰富的海洋生物多糖，也是世界上仅次于纤 组合而成[1–2] ，由英国科学家Stanford 于 1881 年 维素的生物高分子聚合物。以大型海洋藻类尤其 基金项目：国家自然科学基金 ；广西自然科学基金重点项目(2014GXNSFDA118012) ；广西科技计划重点研发项目(桂 科A ；广西科技计划科技基地和人才专项(桂科A *通信作者。黄庶识，Tel ：+86-771-2503990 ，E-mail ：hshushi@ ；张云开，E-mail ：yykzhang@ 收稿日期：2017-10-25 ；修回日期：2017-12-25 ；网络出版日期：2018-01-17 1552 Chao Xu et al. | Acta Microbiologica Sinica , 2018, 58(9) 是褐藻为原料的第三代生物乙醇技术的研发正在 菌褐藻胶裂解酶分解海藻酸的机制[11–12] 。2010 年， 成为能源领域关注的热点，作为褐藻主要多糖成 Takase 等[13]对Sphingomonas A1 菌株代谢褐藻胶 分的褐藻胶储量丰富，以其为原料转化为生物乙 的研究发现，该菌株通过细胞膜上的超级通道 醇，是未来解决能源危机的潜在路径之一[5] 。 (superchannel) 直接摄入褐藻胶到细胞体内，在 在海洋和陆地，存在多种类能够降解和同化 Al-I 、Al-II 和Al-