大豆EST－SSR标记开发及与GenomicSSR的比较研究.PDF

２００９年６月 中国油料作物学报 ２００９，３１（２）：１４９－１５６ Ｃｈｉｎｅｓｅｊｏｕｒｎａｌｏｆｏｉｌｃｒｏｐｓｃｉｅｎｃｅｓ 大豆ＥＳＴ－ＳＳＲ标记开发及与 ＧｅｎｏｍｉｃＳＳＲ的比较研究 １ １ １ １ １ １ １ 常　玮 ，赵　雪 ，李　侠 ，邱　波 ，韩英鹏 ，鄊伟丽 ，李文滨 （１．东北农业大学大豆研究所，国家教育部大豆生物学重点实验室，黑龙江 哈尔滨 １５００３０） 　　摘要：对４５８２２０条大豆ＥＳＴ序列进行ＳＳＲ搜索，共检测出ＥＳＴＳＳＲ序列３９９８９条，经拼接得到无冗余ＥＳＴ ＳＳＲ序列８１９０条，包括３５７种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多，分别占无冗余ＥＳＴ总数的１１．１３％ 和１６％，统计得到二核苷酸重复类型１２种，三核苷酸重复类型６０种。以含有简单重复序列的无冗余 ＥＳＴ序列设 计２００对引物，其中１４８对引物有清晰且单一条带扩增产物，以３０份大豆品种资源进行引物筛选，获得多态性引物 ３１对。以２１份大豆不同基因型的基因组ＤＮＡ为模板选取３０对显示多态性的大豆ＥＳＴＳＳＲ引物和３０对大豆基 因组ＳＳＲ引物进行扩增，带型统计结果显示：大豆ＥＳＴＳＳＲ与基因组ＳＳＲ在供试基因型间多态性指数均值分别为 ０．５５和０．４４，二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆ＥＳＴ开发ＳＳＲ标记是切 实可行的，大豆ＥＳＴＳＳＲ可以用于大豆遗传多样性分析，是大豆ＤＮＡ分子标记体系的一个重要补充。 关键词：大豆；ＥＳＴＳＳＲ；生物信息；多态性 中图分类号：Ｑ７５１；Ｓ５６５．１０３　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００７－９０８４（２００９）０２－０１４９－０８ ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｓｏｙｂｅａｎＥＳＴＳＳＲｍａｒｋｅｒａｎｄｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｗｉｔｈｇｅｎｏｍｉｃＳＳＲｍａｒｋｅｒ １ １ １ １ １ １ １ ＣＨＡＮＧＷｅｉ，ＺＨＡＯＸｕｅ，ＬＩＸｉａ，ＱＩＵＢｏ，ＨＡＮＹｉｎｇ－ｐｅｎｇ，ＴＥＮＧＷｅｉ－ｌｉ，ＬＩＷｅｎ－ｂｉｎ （ＳｏｙｂｅａｎＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅ，ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＳｏｙｂｅａｎＢｉｏｌｏｇｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＥｄｕｃａｔｉｏｎＭｉｎｉｓｔｒｙ， ＮｏｒｔｈｅａｓｔＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｒｂｉｎ１５００３０，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：４５８２２０ＥＳＴｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｓｏｙｂｅａｎｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｓｃｒｅｅｎＳＳＲ．３９９８９ＥＳＴＳＳＲｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅｄｅ ｔｅｃｔｅｄａｎｄ８１９０ｎｏｎｉｒｅｄｕｎｄａｎｔＥＳＴｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ３５７ｍｏｔｉｆｓｗｅｒｅｏｂｔａｉｎｅｄｔｈｒｏｕｇｈｓｐｌｉｃｉｎｇ．Ａｍｏｎｇｔｈｅｓｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｐｅａｔａｎｄｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｐｅａｔｗｅｒｅｔｈｅｍｏｓｔｃｏｍｍｏｎｔｙｐｅｓ，ａｎｄａｃｃｏｕｎｔｅｄｆｏｒ１１．１３％ ａｎｄ１６％ ｏｆｔｈｅｔｏｔａｌｎｏｎｒｅｄｕｎｄａｎｔＥＳＴｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．１２ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｐｅａｔｍｏｔｉｆｓａｎｄ６０ｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｐｅａｔ ｍｏｔｉｆｓｗｅｒｅｓｃｒｅｅｎｅｄ．２００ｐａｉｒｓｏｆｐｒｉｍｅｒｓｗｅｒｅｄｅｓｉｇｎｅｄｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｎｏｎ－ｒｅｄｕｎｄａｎｔＳＳＲＥＳＴｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａｏｆ ｓｏｙｂｅａｎ，１４８ｐａｉｒｓｏｆｔｈｅｐｒｉｍｅｒｓｃａｎｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌｌｙａｍｐｌｉｆｙ，３１ｐａｉｒｓｏｆｗｈｉｃｈｐｒｅｓｅｎｔｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍａｍｏｎｇ３０ｄｉｆｆｅｒ ｅｎｔｓｏｙｂｅａｎｇｅｎｏｔｙｐｅｓ．２１ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｇｅｎｏｔｙｐｅｓｏｆｓｏｙｂｅａｎ