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DNA编码问题及其复杂性的研究 　　 (华中科技大学 控制科学与工程系, 武汉 430074) 　　?? 　　摘要：高质量的DNA编码可以避免DNA分子间的非特异性杂交，提高DNA计算的有效性和可靠性。首先对DNA编码的约束条件进行归类，分析了各编码约束对编码质量的影响；然后研究了编码质量、编码数量、序列长度与DNA计算可靠性、有效性、可扩充性之间的关系；最后通过类比DNA编码问题和图的独立集问题，说明了求解最大DNA序列集合问题是NP完全的。 　　?す丶?词：DNA计算; DNA编码设计; 组合优化 　　?ぶ型挤掷嗪牛?TP301.5文献标志码：A 　　文章编号：1001-?B3695(2008)11-?B3264-?B04 　　?? 　　DNA sequence design problem and complexity analysis 　　?? 　　ZHANG Kai, GENG Xiu-tang, XIAO Jian-hua, ZHANG Xun-cai 　　?? 　　(Dept. of Control Science Engineering, Huazhong University of Science Technology, Wuhan 430074, China) 　　?? 　　Abstract:High quality DNA sequences can prevent the interference between different DNA molecules, and improve the reliability and effectiveness of DNA computation. At first, classified DNA constraints, and analyzed the influence of constraints on the quality of DNA sequences. Then the paper studied the relationship between DNA sequence and the efficiency of DNA computing. Finally, the paper carried on the analogy to DNA sequence design problem and graph independent set problem, and proved the maximum DNA sequences set problem was a NP complete problem. 　　??Key words：DNA computing; DNA sequences design; combinatorial optimization?お? 　　0引言?? 　　 20世纪70年代初期，科学工作者发现大量源于实际的组合优化问题非常难解，并定义和证明这些问题为NP完全问题。随后出现了一系列优化计算方法，如人工神经网络、遗传、模拟退火、蚁群优化和粒子群算法，也不能彻底解决复杂的组合优化问题。1994年，美国南加州大学的Adleman[1]使用DNA分子成功求解出七个城市的有向Hamilton路问题。随后，许多学者提出了求解其他NP完全问题的DNA计算模型[2~5]。这种基于生物分子的计算模式在求解NP完全问题时显示出了极大潜力。1997年，Garzon等人[6]指出生物分子计算的核心是对DNA序列进行编码，从而将现实问题映射到DNA分子上，再通过生物实验获得代表问题解的DNA分子。因此，DNA编码质量的优劣直接决定了DNA计算的效率。?? 　　 近年来，许多学者对DNA编码问题进行了深入的研究，并提出了各种DNA编码约束和各种算法来编码DNA序列。Frutos等人[7]提出的基于模板的DNA编码方法，利用汉明距离和反补汉明距离减少编码间的相似程度。Tanaka等人[8]提出了评价DNA序列的适应度函数，用模拟退火算法设计DNA序列，并给出自补汉明距离等约束来评价DNA编码质量。Feldkamp等人[9]利用有向树编码DNA，通过限制子序列仅允许出现一次，降低编码间的相似程度。Deaton等人[10]提出了基于自由能的动态规划DNA编码算法。这些算法使用不同编码约束评价DNA序列的质量。?? 　　1DNA编码问题及编码约束?? 　　 DNA编码问题可以表示为，设X=5′-x1x2…xn-3′为一个长度为n的单链DNA序列。其中：xi代表碱基，xi∈{A,C,G,T}。设S为长度为n的DNA序列集合，显然集合S的大小为｜S｜=4??n。求S的一个子集C??S，使得C中任意DNA序列满