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DNA计算模型及的应用综述 　　摘 要：自从Adleman博士最早利用DNA计算成功求解了7个顶点有向图的Hamilton问题以来，DNA计算[1]被引入多个研究领域，成为当今科技发展的热点之一。首先介绍DNA计算的基本原理及编码方法，其次阐述了DNA计算的主要模型，再次总结了国内外研究学者应用DNA计算解决的实际问题，最后列举了DNA计算改进的相关方向。 　　关键词：DNA计算；模型；NP完全问题；智能算法 　　中图分类号：TP301.4 文献标识码：A DoI: 10.3969/j.issn.1003-6970.2012.05.056 　　The Models and Applications of DNA Computing 　　BaI Xue 　　(Shandong Normal University College of management science and Engineering, Jinan 250014, China) 　　【Abstrac】Since Dr. adleman used DNa computing to achieve HPP with seven vertices successfully, DNa computing has been brought in various research areas and become one of the focuses of scientific development. Firstly, the basic principles and coding methods are introduced, following with the main models of it. In addition, we summed up the applications of DNa computing to solve practical problems. finally, several improved directions are listed. 　　【Key words】DNa computing; Model; the NP-complete problem; Intelligent algorithm 　　 1 DNA计算简介 　　 1.1 DNA计算原理 　　DNA是一种由许多脱氧核苷酸分子连接而成的高分子化合物，其中脱氧核苷酸由脱氧核糖、磷酸和含氮碱基三部分组成。因为碱基有腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胸腺嘧啶T和胞嘧啶C四种类型，所以与之对应的核苷酸也有四种表现形式。DNA计算的基本原理是把需要运算的对象映射成DNA分子链，在生物酶的作用下生成初始数据池，然后按照一定的规则将原始问题高度并行地映射成DNA分子链的可控的生化过程，最后 　　利用现代分子生物技术[2-9]获得最终运算结果[10]。 　　 1.2 DNA编码方法 　　Baum于1996年提出了降低DNA序列间相似度的假设，随后Garzon等人定义了DNA计算中的编码问题。DNA编码方法主要包括模板-映射方法、最小长度子串方法和随机搜索方法，其中模板-映射方法是由Wisconsin大学的Frutos等人提出的，2003年，刘文斌在该方法的基础上提出了模板框的概念；Feldkamp等人提出了一种最小长度子串评价方法，通过限制子序列出现的次数降低了编码之间的相似程度；2003年，Tulpant提出了随机搜索编码方法，采用随机方式生成DNA编码解空间，然后根据约束条件筛选出解空间中较好的DNA编码序列。 　　 2 DNA计算模型 　　 2.1 基于理论研究的DNA计算模型 　　1996 年，Roweis提出一种基于分子操作和随机访问内存的DNA计算粘贴模型，在运算过程中不需要酶的作用和DNA链的延伸，主要有合并、分离、设置和清除四种基本操作。随后，Kari等人在粘贴模型的基础上提出了粘贴系统的概念，由Paun等人[3，7，11]将其推广到更加普遍的形式上。2004年，许进等人对粘贴模型给予了更为详细的讨论。 　　1987年，Head在利用形式语言对DNA序列进行分析的基础上提出了剪接系统的概念[1，3，7]，Paun等人对该系统的通用性、计算能力和剪接运算等方面进行了详细的讨论[3，7，12]。2001年，Benenson等人利用剪接系统研制出一台具有编程能力的有穷自动机，并说明了剪接系统是计算完备的。 　　插入/删除模型是建立在上下文插入和删除基础上的抽象模型[3，4，11]，Paun等人于1998年利用上下文插入文法描述了递归可列语言，2002年，Takahara在第8届国际DNA计算机会议上阐述了插入/删除系统的计算能力。 　　k-臂模型是1