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分子动力学模拟基本原理及其的应用 　　【摘 要】阐述了分子动力学模拟的理论基本、模拟条件、模拟应用以及钻研的重点目标。介绍了MD计算的发展，并给出了分子动力学模拟中相关的运动方程和定理、有限差分算法、分子动力学模拟应用发展的主要过程。并且阐述了分子动力学模拟的初始条件、周期性边界、长程作用力以及系综等。 　　【关键词】分子动力学；有限差分算法；模拟条件及应用 　　中图分类号： TB383.1 文献标识码： A 文章编号：2095-2457（2018）05-0025-002 　　【Abstract】The theoretical basis， simulation conditions， simulation applications and key objectives of molecular dynamics simulation are described.In this paper， the development of MD calculation is introduced， and the motion equation and theorem， finite difference algorithm and the main development process of molecular dynamics simulation are given.The initial conditions， periodic boundary， long-range force and ensemble of molecular dynamics simulation are also discussed. 　　【Key words】Molecular dynamics； Finite difference algorithm； Simulation conditions and application 　　0 引言 　　分子动力模拟计算，从开始发展到现在已经有五十来年的历史。它是一种依据经典力学的计算方法，主要是依据分子的力场来计算分子的各种性质。MD计算的使用已经逐渐涉及到更多的领域，伴随着科技的进步，它们使用的方法越来越方便、图像显示清晰以及功能变得更多更强大，具有选择性，所以MD计算愈加普遍的应用于各种体系的模拟。但是，它的计算尺度太小，严重依赖于力场。 　　1 分子动力学的理论基本 　　1.1 分子动力学 　　分子动力学也称多质点动力学，在忽略核子的量子效应和绝热近似的条件下，它假定原子的运动和确定的轨迹联系在一起，而且这种假设是可以行的通的。而且分子动力学方法是对理论和实验的补充，它可以?^察到原子的运动轨迹和原子运动过程中的微观细节。 　　1.2 牛顿运动定理 　　分子动力计算的根本原理，就是牛顿运动定律。在分子动力学中，系统中原子一系列的位形就是对牛顿运动方程进行积分和计算所得到的结果，而且能够通过计算牛顿第二定律的微分方程来取得系统中原子的运动细节。 　　1.3 运动方程的数值求解 　　多粒子体系的牛顿方程无法求解析解，而有限差分法便是对运动方程求解的重要方法。常见的数值求解法有Velocity-Verlet算法和leap-frog算法。其中Velocity-Verlet算法同时给出粒子的位置、速度和加速度，并且对精度要求没有影响，它可以显示速度项且计算量较小。而leap-frog算法是Verlet算法发展的另外一种计算模式，同verlet算法相比较，它不仅可以显示速度项而且计算量相对来说会简洁方便，但它的位置和速度并不是同步的。除了上述方法，还有跳蛙方法和校正预测法等来计算粒子的速度和位置。而且在分子动力计算中有很多因素会对结果造成影响，例如初始结构的选取。 　　2 分子动力学模拟的条件 　　2.1 分子动力学模拟的初始条件 　　首先要得知粒子的初始速度和位置才可以对运动方程进行求解，而且不同的算法之间，它们所要求的初始条件也会有差异。在分子动力计算中，怎样选取适当的积分步程来保证计算时间不增长和计算结果不失去其精准性也是十分重要的一项工作，积分步程选择的通用原则与在实际中的操作又会有一些区别。在分子动力模拟计算前。必须先行估计计算的可行性，并选取相近的初始结构，愈近似模拟系统的结构愈佳。要想加快系统趋于平衡的时间与步伐，选择适当的初始条件是非常必要的，更何况适当的初始条件可以获得好的精度。 　　2.2 周期性边界和长程作用力 　　分子力学、分子动力和蒙地卡罗计算中常常需要考虑带电荷的原子、离子或分子间的作用。许多体系需要计算准确的长程作用项才能得到正确的相关性质。因此，远程作用力的正确处理是各种分子模拟方法中的重要问题。两分子间（或同分子相距一定距离的两个基团间