查尔酮合成酶催化机理中的分子力场参数拟合-物理化学专业论文.docxVIP

Classified Index: O641.12+1 U.D.C: 540 Dissertation for the Master Degree in Science MOLECULAR MECHANICS FORCE FIELD FITTING IN THEORETICAL INVESTIGATIONS ON THE CATALYTIC MECHANISMS OF CHALCONE SYNTHASE Candidate： Qi Xiaoli Supervisor： Prof. Tian Weiquan Academic Degree Applied for： Master of Science Speciality： Physical Chemistry Affiliation： School of Science Date of Defence： June, 2011 Degree-Conferring-Institution： Harbin Institute of Technology 哈尔滨工业大学理学硕士学位论文 哈尔滨工业大学理学硕士学位论文 - - I - 摘 要 査尔酮合成酶广泛存在于植物体内，对体系内其它酶的形成起关键作用，其 催化机理的研究已是理论化学领域的热点。查尔酮合成酶的催化性能与查尔酮分 子有关，对查尔酮进行分子力场优化能够为后继的分子动力学计算提供基础。 本文利用 GAUSSIAN03 程序、CHARMM27 力场，研究了查尔酮分子及模型 化合物 F 的力场，从几何构型、原子电荷、键长、键角、二面角方面进行优化， 对与水相互作用、振动频率、势能曲线进行了分析。主要围绕以下几方面展开： (1)拆分目标分子确定模型化合物 F，研究了 MP2/6-31G(d)水平下的几何构型， 调整了新型原子的电荷并对 F 与水的相互作用进行了计算，结果显示：O2 与水分 子相互作用最强，H6 与水的相互作用最弱，空间位阻等因素导致 H6 的作用距离 比 H7 的作用距离小，O2 的作用距离最小。 (2)对模型化合物 F 的振动频率进行了计算，在力场中优化平衡状态下的键长、 键角，得到了与 QM 数据一致的键长、键角；调整了键长、键角、二面角的力常 数，得到了 2 组与 QM 数据比较符合的振动频率。从 0 度到 360 度，间隔 15 度进 行势能扫描，含双键的二面角扭转得到了势能面 1，另一个得到势能面 2。调整二 面角参数，结果显示连接羰基碳原子与烯烃碳原子的键的扭转对势能面 2 的影响 较大，其它二面角参数对势能面 1 的影响较大，得到的势能面 1 与 QM 结果趋势 一致，而势能面 2 与 QM 结果完全一致。优化的过程表明：电荷的变化对相互作 用影响大，键长和键角项主要影响振动频率，二面角项对势能变化起关键作用。 (3)建立了查尔酮分子力场，模型化合物两端的甲基被苯酚替代，在整体电荷 为零的情况下对电荷进行微小调整，重新优化了分子各二面角项，发现连接羰基 碳原子和苯酚的键、连接烯烃碳原子和苯酚的键的扭转对整体势能的影响较大， 研究了其它 12 组二面角的各项参数，得到了与 QM 趋势一致的势能优化曲线。 关键词：查尔酮合成酶；催化作用；CHARMM 力场；参数优化 - - II - Abstract Chalcone synthase exists widely in multiple plants, and it promotes many other enzymes’ formation, so the study of its catalytic mechanism has been a hot issue in the theoretical chemistry. The catalysis is associated with its chalcone molecule, and the parametrization is provided for subsequent molecular dynamics simulation. The work employs Gaussian03 and CHARMM27 programs for optimizing chalcone molecule and model F, it contains geometry, atomic charge, bond, angle, and dihedral angle. Stretching frequency and its potential surface were analyzed for the interaction between model F and water. The thesis