GSE74602芯片数据中直肠癌关键基因与治疗药物的生物信息学筛选.PDF

第 27 卷　第 4 期 中国普通外科杂志 Vol.27　No.4 2018 年 4 月 Chinese Journal of General Surgery Apr.　2018 doi: 10.3978/j.issn. 1005-6947.2018.04.011 ·基础研究 · / 10.3978/j.issn. 1005-6947.2018.04.011 Chinese Journal of General Surgery, 2018, 27(4):457-467. GSE74602 芯片数据中直肠癌关键基因与治疗药物的生物 信息学筛选 罗磊，龚宝成，刘福囝 （中国医科大学附属第一医院 胃肠肿瘤外科，辽宁 沈阳 110001） 摘 要 目的：通过生物信息学方法探寻结直肠癌的诊断标志物及潜在的治疗靶点与治疗药物。 方法：从 美 国 国 立 生 物 技 术 信 息 中 心（NCBI） 公 共 数 据 平 台 基 因 表 达 大 棚 车（GEO） 下 载 芯 片 数 据 GSE74602，包括 60 个样本，其中 30 例结直肠癌样本，30 例正常结直肠组织样本。用 R 语言中 的 Limma 包对正常组织和癌症组织进行差异表达分析，用 DAVID 在线数据库对筛选出来的差异表达 基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科（KEGG）信号通路分析，同时通过 STRING 在线数据库构建差异表达基因的蛋白互作网络，利用 Cytoscape 软件进行可视化编辑，并且通 过 MCODE 插件进行子网络模块分析，筛选出结直肠癌发生过程中的核心基因。最后，用连通图数据 库（cMap）分析具有潜在治疗结直肠癌的小分子药物。 结果：总共筛选出 231 个差异表达基因，包括 122 个上调基因，109 个下调基因。GO 分析结果表明， 表达上调的基因富集的生物学过程主要包括细胞周期、细胞分裂等，而表达下调的基因富集在免疫反应， 细胞内信号级联和防御反应等生物学过程。KEGG 通路分析发现表达上调的基因主要参与细胞中氮及 矿物质的代谢和细胞中相关物质的分泌（胆汁、胰液）的信号通路，而表达下调的基因主要参与药物 代谢、细胞循环以及 p53 信号传导通路。子网络模块分析发现了一些在结直肠癌发生的调控中起着重 要作用的关键基因，如 KIF20A、CENPF、NCAPG、PYY、IQGAP3；蛋白互作网络中的差异表达基因 被映射到 cMap 上，筛选出若干个潜在治疗结直肠癌的小分子药物，如紫霉素、去甲骆驼蓬碱、斑鸠霉 素等。 结论：所发现的关键基因可能会成为诊断结直肠癌新的肿瘤标志物或者治疗结直肠癌的新的靶点；此外， 筛选出的小分子药物有可能成为治疗结直肠癌的新型药物。 关键词 结直肠肿瘤；信息系统；微阵列分析；计算生物学 中图分类号：R735.3 Bioinformatics screening for pivotal genes and therapeutic drugs of colorectal cancer in GSE74602 micro