CircRNA 研究进展综述-2017精编.pptVIP

CIRCexplorer这个工具巧妙的用fusion gene这个思路去检测circRNA。 首先，过滤出Tophat无法mapping上的reads，再把这些reads用Tophat-Fusion mapping到基因组上。那些用Tophat-Fusion mapping到基因组上的非线性候选位置的reads就是潜在的back-splied juction reads。 接下来，这些reads会在有基因注释的帮助下，确定更加精确的donor, acceptor位置。 最后，对circular RNA进行注释。 CIRCexplorer这个工具巧妙的用fusion gene这个思路去检测circRNA。 首先，过滤出Tophat无法mapping上的reads，再把这些reads用Tophat-Fusion mapping到基因组上。那些用Tophat-Fusion mapping到基因组上的非线性候选位置的reads就是潜在的back-splied juction reads。 接下来，这些reads会在有基因注释的帮助下，确定更加精确的donor, acceptor位置。 最后，对circular RNA进行注释。 CircRNA 研究进展分享 分享人：滕飞 部门：癌症业务线-转录组 目录 CircRNA 介绍 CircRNA 研究进展 CircRNA文章典型案例分析 CircRNA目前生物信息分析流程比较 CircRNA 未来研究方向预测 1979年洛克菲勒大学的Hsu和Coca-Prados 在电子显微镜下观察到的真核细胞细胞质中观测到环状RNA的存在 CircRNA circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5 末端帽子和3 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子 RNase R circRNA 具体特征： (1)circRNA由特殊的可变剪切产生，大量存在于真核细胞的细胞质中，但少部分内含子来源的circRNA则存在于核酸内，具有一定的组织、时序和疾病特异性; (2)广泛存在于人体细胞中，有时甚至超过它们线性异构体的10倍之多; (3)与传统的线型RNA(linear RNA，含5＇和3＇末端)不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不易被核酸外切酶RNaseR降解，比线性RNA更稳定; (4)具有高度保守性，部分具有快速的进化性改变; (5)大多数来源于外显子，少部分由内含子直接环化形成; (6)部分circRNA分子含miRNA应答元件(miRNAresponse element，MRE)，可充当竞争性内源RNA(competing endogenousRNA，ceRNA)，与miRNA结合，在细胞中起到miRNA海绵的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达水平; (7)可以翻译成蛋白质，但大部分是非编码RNA。 CircRNA 分类标准：来源 exon circRNA 定位：细胞质 功能：miRNA海绵作用 CiRNA EIciRNAs 形成来源 功能：circRNA顺式调控亲本基因的表达 一方面 circRNA可以与RNA结合蛋白相互结合影响亲本基因mRNA的表达。 另一方面，环状RNA形成过程中内含子间竞争性互补配对可以与线性RNA之间达成一种平衡，影响mRNA的表达，甚至蛋白翻译。 功能：海绵作用 miRNA海绵作用（miRNA sponge）：结合并封闭miRNA的调控作用，从而使其靶基因表达增强。 海绵作用来源 功能：编码蛋白质 大多数 circRNA 存在于胞质中,提示它们可以被装载到核糖体而被翻译成多肽。 与许多没有 5帽和 3多聚（ A） 尾的线性 mRNA 相似，circRNA 也缺乏有效的翻译起始结构，但是一旦启动了一个内部核糖体进入位点 （ internal ribosome entry site,IRES） ,两者都是可以被翻译的. 丁型肝炎病毒（ hepatitis D virus,HDV） 的核心包含有单股负链共价闭合 circRNA 分子，它编码的相关蛋白 HDV 抗原（ hepatitis D virus antigen,HDAg） 在疾病发展中起到了重要的作用. 另外，研究者发现，人骨肉瘤细胞 U2OS 中，circRNA 具有翻译功能，尽管其翻译效率非常低. 但是，随着越来越多核糖体分析数据的获得，circRNA 在其它细胞类型或物种中是否能被翻译是一个值得深入研究的课题 形成机制 1.“内含子配对驱动环化”（intron-pair-d