基于penMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化.docVIP

基于OpenMP的分子动力学并行算法的性能分析与优化 :1001-9081(2012)01-0163-04 doi:10.3724/SP.J.1087.2012.00163 :为提高分子动力学模拟在共享内存式服务 器上的计算速度，对基于OpenMP的分子动力学并行 算法(Critical方法)进行了性能分析与优化。通过在 多核服务器上的测试，以及加速比和并行效率的计算 分析了 Critical方法的并行性能，进而提出优化的三角 形方法。所提方法中每个线程所计算的粒子数固定， 且粒子数目呈阶梯状上升，使得各线程能够错时到达 临界区。从而使程序在临界区的闲置时间比Critical方 法减半，加速比明显提高。 ?关键词:分子动力学；并行计算；多核中央处理 器;OpenMP；临界区 ? :TP399; 0641 :A Abstract: To enhance the computing speed of the molecular dynamics simulations on the shared memory servers, the performance of parallel molecular dynamics program based on Open Multi-Processing (OpenMP) approach with the critical section method was analyzed and improved. After testing performance on a multi-core server, as well as the calculations of speedup and parallel efficiency, an optimized triangle method was developed. In this method, stationary atom sets were assigned to threads respectively, and the number of atoms increased stepwise, which made the threads arrive at critical sections at different time. The triangle method can efficiently halve the idle time in critical sections and therefore can significantly enhance the parallel performance. Key words: molecular dynamics; parallel computing; multi-core Central Processing Unit (CPU); Open Multi-Processing (OpenMP); critical section 0引言？ 分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是一种 应用广泛并可在粒子级别模拟固态、液态物质的主要 计算方法之一。它将粒子视为经典粒子，通过求解各 粒子的运动方程得到不同时刻粒子的空间位置信息， 进而根据统计物理方法计算出物质微观结构、热力学 性质及平衡输运性质等在实验条件下较难得到的宏观 属性。MD模拟己被广泛应用于物理科学、材料科学、 生命科学等领域[1] 2-3、[2] 7-8?，成为一种重要的 科学研宄方法。MD模拟对计算资源有着巨大的需求， 是高性能计算的典型应用之一。在空间尺度上，为了 获得更精确的宏观性质，MD模拟体系的粒子个数可 能多达几百万甚至更多；在时间尺度上，MD模拟的 步长时间通常取几个飞秒(fs) [2] 60?，数百万步的 计算也仅模拟了现实过程中约几纳秒的时间。为了能 快速完成MD计算任务，人们通常让多台计算机同时 完成一个计算任务，这需要首先对串行MD程序进行 并行化。常用的MD软件如LAMMPS[3]、NAMD[4]、 CHARMM [5]、AMBER [6]等都有并行版本，而且都 是基于消息传递模型如MPI( Message Passing Interface) [7]。？ 随着计算机硬件的快速发展，节点采用对称多处 理(Symmetric Multi-Processing，SMP)机的集群系 统逐渐成为高性能计算机的主流体系结构。2011年6 月的TOP 500名单中有80%以上的高性能计算机采用 了这种结构［8］。这种集群存在两级速度差异较大的 通信路径：一是节点内部的共享存储通信，它可通过 对共享内存上的数据读写来实现数据通信，速度较快； 另一种是在介于节点间的网络上进行的