分子标记技术在日本对虾育种中的应用研究-动物遗传育种与繁殖专业论文.docx

万方数据 万方数据 分子标记技术在日本对虾育种中的应用研究 学位论文完成日期： 指导教师签字： 答辩委员会成员签字： 上海海 上海海洋大学硕士学位论文 分子标记技术在日本对虾育种中的应用研究 摘 要 日本对虾是我国重要的对虾养殖种类，开展其良种选育工作具有重要的经济 意义。本文以日本对虾育种群体为材料，用微卫星分子标记对不同选育群体进行 遗传鉴定，并建立了基于微卫星信息的遗传参数估计方法，为进一步开展日本对 虾分子辅助选育工作奠定了重要的技术基础。对日本对虾育种群体进行耐高温测 试，分析高温耐受性与生长性状、近交水平的关系；利用 SLAF 测序法筛选与耐 高温性状关联的 SNP 标记，为改良日本对虾高温耐受性提供分子辅助手段。 利用 8 对微卫星引物对日本对虾养殖群体两个世代的遗传结构进行了分析， 共计检测到 108 个等位基因，等位基因长度为 196-528bp，各位点等位基因数为 6-23 个。亲本和子代群体每个位点平均等位基因数目分别为 8.5 个和 11.5 个， 平均观测杂合度分别为 0.7211 和 0.6319，平均期望杂合度分别为 0.7748 和 0.7635，平均多态信息含量分别为 0.7315 和 0.7286。根据标记信息利用最大 似然法对两个世代的个体分别进行系谱结构推断，亲本群体划分为 6 个群体，群 体间遗传距离为 0.2773-2.356，均值为 1.5097；子代群体划分为 17 个群体，群 体间遗传距离为 0-2.5929，均值为 1.1132。亲本和子代分群体间的遗传距离变 化范围为 0-3.0892，均值为 1.2380。根据各分群体间的 Nei’s 遗传距离，用非 加权组平均法（UPGMA）构建了日本对虾两个世代的遗传进化树。其中 18 个分群 体（4 个亲本群体和 14 个子群体）经过聚类后形成 3 个分支，其余 5 个分群体 （2 个亲本群体和 3 个子群体）明显偏离于主支。研究发现，子代的观测杂合度 明显低于亲本，说明子代在继承亲本遗传信息的过程中已经丢失了一定的杂合性。 随机选取 286 只人工养殖的日本对虾进行耐高温性状的测试，对其 8 项形态 性状进行测量。采用相关分析和通径分析方法，计算以日本对虾生长性状为自变 量对耐高温性状做依变量的相关系数、通径系数、决定系数以及相关指数，定量 分析生长性状对耐高温性状的影响效果。从耐温测试的群体中随机选取 150 个个 体，用 8 对微卫星引物对每个个体进行基因分型，根据分型结果计算出其近交系 数，分析了近交系数与生长性状和耐高温性状的相关性。结果表明，日本对虾的 8 个形态性状与 UTT(Upper temperature tolerance)的相关系数达到极显著水平 （p0.01）。在通径分析的结果中保留了达到显著水平的体长、头胸甲宽、六腹 I 节长、二三腹节宽和二三腹节高 5 个变量，建立了这 5 个性状与 UTT 的多元回归 方程。在抽取的 150 个个体中的绝大多数存在不同程度的近交，该群体的近交系 数与体重、体长和 UTT 的相关性均为不显著。 在健壮的日本对虾备选亲本中挑选 15 尾雄虾和 30 尾雌虾构成交配组，由其 自然交尾。最终收获了 12 尾雄虾和 20 尾受精雌虾，成功构建了 6 个日本对虾养 殖家系。用亲本的肌肉组织和多个早期仔虾的混合样提取基因组 DNA，用 12 对 微卫星引物实现对亲本个体水平和子代家系水平的基因分型，由分型结果根据孟 德尔遗传定律进行父本鉴定。最终为 6 个家系中的 5 个找到了父本，并且发现有 2 个家系的父本为同一尾雄虾，有 1 个家系的父本丢失。本研究验证了在日本对 虾育种工作中家系生长早期鉴定出家系父本的可行性。 为了给日本对虾后续育种提供参考, 用 12 个微卫星位点研究了分属于 14 个家系的 15 个日本对虾养殖群体的亲缘关系。在有效的数据中共检测到 241 个 等位基因，各个位点的等位基因数目为 5-30 个，平均每个位点的等位基因数为 20.08 个；平均观测杂合度范围为 0.804，平均期望杂合度范围为 0.899，平均 多态信息含量范围为 0.889。15 个群体的平均总近交系数 FIT 为 0.1081，平均 家系内近交系数 FIS 为-0.2338。各位点的平均遗传分化指数 FST 为 0.2771，平 均基因流指数 Nm 为 0.6521。根据群体间的 Nei’s 遗传距离用 UPGMA 法对 15 个群体进行聚类,除属于一个家系的群体 C6 和 D12 外，B4 和 C7 群体的遗传关系 最近，C10 群体与其他群体的遗传关系最远。对个体的家系重建把每一个个体准 确划入各自分属的家系。在 12 个微卫星位点中的 8 个检测到了无效等位基因。