蛋白质结构预测的阈值接收算法研究-生物学专业论文.docxVIP

The Thesis of FAFU’s Master Student The Research of Threshold Accepting Algorithm on Protein Structure Prediction Degree category: Science The name of discipline: Biology The name of major: Bioinformatics Science and Technology Research field: Computational Biology Student name: Jing Cai Supervisor: Prof. Yiwen Zhong Submitted time: April 2015 Fujian Agriculture and Forestry University (FAFU) 独创性声明 本人声明，所呈交的学位（毕业）论文，是本人在指导教师的指导下独立完成的研 究成果，并且是自己撰写的。尽我所知，除了文中作了标注和致谢中已作了答谢的地 方外，论文中不包含其他人发表或撰写过的研究成果。与我一同对本研究做出贡献的 同志，都在论文中作了明确的说明并表示了谢意，如被查有侵犯他人知识产权的行 为，由本人承担应有的责任。 学位（毕业）论文作者亲笔签名： 日期： 论文使用授权的说明 本人完全了解福建农林大学有关保留、使用学位（毕业）论文的规定，即学校有权 送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅; 学校可以公布论文的全部或部分内容，可 以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。 保密，在 年后解密可适用本授权书。 □ 不保密，本论文属于不保密。 □ 学位（毕业）论文作者亲笔签名： 日期： 指导教师亲笔签名： 日期： i i 目 录 HYPERLINK \l _bookmark0 摘要 I HYPERLINK \l _bookmark1 Abstract II HYPERLINK \l _bookmark2 第一章 绪论1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.1 背景及意义1 HYPERLINK \l _bookmark4 1.2 国内外研究现状及存在的问题1 HYPERLINK \l _bookmark5 1.3 研究内容与结构安排4 HYPERLINK \l _bookmark6 第二章 蛋白质结构预测6 HYPERLINK \l _bookmark7 2.1 蛋白质的结构6 HYPERLINK \l _bookmark8 2.2 蛋白质结构预测方法8 HYPERLINK \l _bookmark9 2.2.1 同源建模法 9 HYPERLINK \l _bookmark10 2.2.2 反向折叠法 9 HYPERLINK \l _bookmark11 2.2.3 从头预测法 10 HYPERLINK \l _bookmark12 2.3 蛋白质结构预测的优化模型10 HYPERLINK \l _bookmark13 2.3.1 格点模型 10 HYPERLINK \l _bookmark14 2.3.2 非格点模型 12 HYPERLINK \l _bookmark15 2.4 本章小结15 HYPERLINK \l _bookmark16 第三章 基于自适应邻域采样的阈值接收算法17 HYPERLINK \l _bookmark17 3.1 阈值接收算法简介17 HYPERLINK \l _bookmark18 3.2 单个体连续空间的阈值接收算法18 HYPERLINK \l _bookmark19 3.3 TA 在 Fibonacci 序列的结果与分析 27 HYPERLINK \l _bookmark20 3.4 TA 在真实蛋白质序列的结果与分析 30 HYPERLINK \l _bookmark21 3.4.1 四条较短真实蛋白质序列仿真结果与分析 31 HYPERLINK \l _bookmark22 3.4.2 两条较长真实蛋白质序列仿真结果与分析 33 HYPERLINK \l _bookmark23 第四章 基于多个体的阈值接收算法36 HYPERLINK \l _bookmark24