化学计量学方法在基因、蛋白质序列研究中的应用-分析化学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 西北师范大学 西北师范大学硕士学位论文 化学计量学方法在基因、蛋白质序列研究中的应用 导 导 师:卢小泉教授 研究方向:化学计量学 研究生:王睿导 研究生:王睿 导 师:卢小泉教授 专业:分析化学 研究方向:化学计量学 PAGE VI 中文摘要 基因和蛋白质都是化合物，它们是化学计量学研究者从一开始就最感兴趣的 研究目标。基因和蛋白质的结构和功能，蛋白质与配体的结合过程，酶受体中反 应基质向产物的转变过程等等都是化学计量学研究的热门问题。近几年来，随着 人类基因组计划以及很多生物的基因组测序工作的完成，核酸以及蛋白质序列的 数目成倍增长，呈“爆炸”之势。当务之急是，研发出更多的准确而快速的分析工 具，从如此汹涌而至的海量数据中最大限度的提取有用信息。不断地开拓新的思 路、发现新的分析方法、工具和软件，从而高产量、高精确度的分析和挖掘原始 的核酸、蛋白质序列数据是化学计量学的新的发展动力。 本论文基于小波分析(wavelet analysis )、系统聚类分析法(hierarchical cluster analysis (HCA))、支持向量机(support vector machine (SVM)) 和人工神经网络 (probabilistic neural network (ANN) )等化学计量学技术，结合一些生物信息学的 方法，以核酸和蛋白质序列数据为对象，作了以下三个方面的研究:1、基于完 全基因组的系统树构建新方法的研究;2、膜蛋白跨膜区域预测新方法的研究;3、 联合多特征的基因预测新方法的研究。主要内容如下: 第一章 文献综述 讲述了小波分析(wavelet analysis )、系统聚类分析法(hierarchical cluster analysis (HCA))、支持向量机(support vector machine (SVM)) 和人工神经网络 (artificial nerves net (ANN) ) 等化学计量学技术的发展简史，介绍了这些分析方 法的基本数学原理，并对其应用研究分别进行了评述。 第二章 基于完全基因组的系统树构建新方法的研究 随着各层次生物的分类研究由形态状转向分子资料，分子进化树构建方法的 性能受到人们的日益重视。发展新的建树方法一直是人们研究的热点。本文基于 小波频率分析提取物种基因组序列的频率特征发展了一种新的推断物种问系统 发生关系的建树方法。这种方法不需要任何序列联配，并首次从频域的角度分析 了物种问的进化关系。它基于各物种完全基因组整体特征问的比较，推断物种问 的系统发生关系。且计算机复杂度较低，简单快速。 虽然SARS己得到有效控制，然而目前还没有特效药物可以有效治愈该疾病。 对冠状病毒内部亲缘关系的研究将有助于抗病毒药物及疫苗的开发。虽然国内外 有关专家做了大量研究工作，取得了不少成果，然而由于SARS是个突如其来， 研究生:王睿 I 专业:分析化学 威胁严重，又突无其踪的一种新的疾病，给研究工作带来不少难题，至今有关 SARS起源的研究仍然扑朔迷离。以11个冠状病毒(包含SARS_CoV)作为研究对 象，用它们的全基因组序列构建了无根和有根的进化树，讨论了SARS_CoV的起 源问题，所得结果与加拿大，美国，中国北京的SARS研究组的分类结果一致， 佐证了SARS_CoV是一种新的冠状病毒并与第二组冠状病毒关系最近，而且增加 了一些细节。另外，以冠状病毒的多聚蛋白ORF1ab以及S、E、M、N等结构蛋 白的同源基因作为对象，构建系统进化树，更进一步研究了冠状病毒的内部亲缘 关系和SARS-冠状病毒的进化路径，所得结论将有助于抗病毒药物及疫苗的开 发。 原核生物在地球上分布最广泛，理解它们的进化关系尤为必要。它们在人类 健康和经济方面的影响，如同在真核生物进化中的作用一样重要，因此研究原核 生物的进化成为一个特别引人注目的课题。然而，原核生物的分类是生物分类学 上的一大挑战，传统的分类因缺乏可观察的形态学特征而变得困难。我们以4个 古细菌、20个细菌和4个作参照用的真核生物为例,构建了它们的小亚基核糖体 CSSU rRNA)进化树，与著名的卡尔.沃斯SSU rRNA生命树，蛋白质树和别的基 于全基因组方法的进化树，以及最近2005年的Bergey’s细菌系统分类手册的分类 作比较，不仅为我们提出的方法提供了佐证，而且增加了一些细节。 第三章 基于小波变换的膜蛋白的跨膜区域预测研究 膜蛋白是一类嵌在生物膜中的蛋白质，在细胞中具有重要的生物功能，它 们构成了各种神经信号分子、激素和受体，是各种离子跨膜的通道，也是许多药 物分子的靶点。然而，膜蛋白与生物膜的稳定构象非常不利于用X光晶体衍射方 法和核磁共振技术测定其三维结构，目前仅有少数膜蛋白的结构己